<div dir="ltr">sorry yeah, I realized that I sent the link to the chimera documentation. No, I usually check to make sure it's the ChimeraX logo in the upper right hand corner, this is the right url: <div><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/nucleotides.html">https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/nucleotides.html</a><br><div>I must have inadvertently  installed a previous version of chimerax, because I just downloaded the daily build again and it looks like it has a lot more features. thanks!</div></div><div><br></div><div>Liz</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, May 22, 2019 at 2:40 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Liz,<br>
The link you sent is to the Chimera documentation, not ChimeraX.  They are two different programs. The ChimeraX documentation is included with your download (menu: Help… User Guide) or see the development copy on our website:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html</a>><br>
<br>
However, I have no idea what’s going on with what you entered, because there IS a nucleotides command in recent versions of ChimeraX, with syntax slightly different than in Chimera.  <br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/nucleotides.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/nucleotides.html</a>><br>
<br>
In the current daily build of ChimeraX, there are also a few nucleotides variants in the Preset menu, and in the Toolbar, a whole tab of icons for nucleotide display styles.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On May 22, 2019, at 11:32 AM, Liz Kellogg <<a href="mailto:lizkellogg@gmail.com" target="_blank">lizkellogg@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi ChimeraX users, <br>
> <br>
> I am dabbling around in ChimeraX, and it seems that the documentation doesn't quite match up with the commands that are available. For example, this command: nucleotides <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/nucleotides.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/nucleotides.html</a><br>
> would be useful, but when I enter this into the command line it says "unknown command"<br>
> I downloaded the nightly chimerax build for mac, so it can't be a problem with an out of date version. Is this command not currently implemented? and if not, how many commands are listed in the documentation that aren't implemented?<br>
> <br>
> Best<br>
> Liz<br>
> _______________________________________________<br>
> ChimeraX-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription:<br>
> <a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>