<div dir="ltr">Thank you, <div>the command works perfectly and it's easier to manage subsets of pseudobonds. </div><div><br></div><div>I would have a last request to facilitate the analysis of crosslinks: is it possible to add a feature by which we can extract also the distances from the selected pseudobonds? even if added as a tab column in the exported .pb file. This is because with large datasets it is impossible to visualize distances with either the histogram or on the screen. </div><div><br></div><div>Thanks a lot, <br>Pascal</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno ven 15 mar 2019 alle ore 22:24 Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Pascal,<div><br></div><div>  If you click an edge of the crosslink network graph then it will select just the crosslinks corresponding to that edge, for example the 8 crosslinks between chains C and D in the example image below.  I made that graph using command "crosslink network #2"  and clicking on the CD edge only selects the #2 crosslinks, not a different set of crosslinks such as model #3.  I tested this and it is working in the current ChimeraX.  You will probably need to zoom your graph so you can actually see an edge -- use shift drag on the graph to zoom it, and alt drag (or some similar modifier) to translate the graph so you can see it better.</div><div><br></div><div>  Now the trouble is in your example you wanted crosslinks involving 4 chains #1/r/R and #2/r/R with both upper and lowercase R chains.  When you click on an edge in the graph it selects only those crosslinks between 2 chains, all others are unselected.  So it won't do what you need.  Might be nice to let shift-click on an edge add to the selection, but that could get pretty tedious if you need to show connections between several chains.  So a command is a better choice.  Here are two commands to select the pseudobonds in crosslink model #5</div><div><br></div><div><span class="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>select #1/r/R #2/r/R & #5 min 6 max 35</div><div><br></div><div>The "& #5" part means intersect with model #5.  Or maybe slightly clearer using 2 commands</div><div><br></div><div><span class="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">    </span>select #1/r/R #2/r/R min 6 max 35</div><div><span class="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">       </span>select intersect #5</div><div><br></div><div>These command approaches did not work in the current ChimeraX because of two separate bugs that I just fixed, so they will work in tomorrow's ChimeraX.</div><div><br></div><div><span class="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>Tom</div><div><br><div><img id="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434384E2984-D547-44AC-8E68-C2E3F18FD9BE" width="788" height="485" src="cid:169955cd6e87d39072d1"><br><blockquote type="cite"><div>On Mar 15, 2019, at 3:42 AM, Pascal Albanese wrote:</div><br class="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div><div dir="auto">Hi Elaine, </div></div><div dir="auto"><br></div><div>Sorry for the late response. So I don't know if I maybe have some issue </div><div dir="auto">I see the connecting edges in the network window, but I can only select chains (individual chains) and the subset of pbonds are not selected:</div><div><span id="gmail-m_-4060618225168716663gmail-m_-8639738586990970434cid:ii_jt9xh8y80"><image.png></span><br></div><div>Probably is my system which is a bit complicated... somehow the pbonds can be related to individual chains or group of them? like: sel #2.1/R #2.1/r #1.1/R #1.1/r (to select the model) pbonds #3 min 6 max 35 (to select the corresponding pbonds, in which previous chains R and r are involved). And then i can save the subselection of pbonds?</div><div><br></div><div>thanks for your help, i can share session if needed, </div><div><br></div><div>Pascal</div></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno ven 8 mar 2019 alle 18:20 Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Pascal,<br>
On the crosslinks network, clicking the edge between two chains selects the corresponding pseudobonds (those between the two chains).  Is that what you mean?<br>
<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/crosslinks.html#network" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/crosslinks.html#network</a>><br>
<br>
Or if you meant all those between the two chains, plus the ones within each chain, then Tom’s example command selecting pseudobonds of chains A and B should work.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Mar 8, 2019, at 6:21 AM, Pascal Albanese <<a href="mailto:pascal.albanese@polito.it" target="_blank">pascal.albanese@polito.it</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Tom, <br>
> Thank for the add, it works and is very useful. However, I don't know if I might haven't explained well: I have a complex set of pseudobonds (let's say #2) involving several Chains of #1. In the "crosslinks network" feature I'm able to subselect chains, but not subgroups of pseudobonds involving, for instance, chains A and B (can be either clicking on the network or with the command line). Would be possible to add this? <br>
> Thanks!<br>
> Pascal<br>
> <br>
> Il giorno mer 6 mar 2019 alle 21:33 Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>> ha scritto:<br>
> Hi Pascal,<br>
> <br>
>   I added the ability to save pseudobond files (.pb suffix) in ChimeraX, will be in tonight's builds,<br>
> <br>
>       select /A,B min 15 max 24<br>
>       save somelinks.pb selectedOnly true<br>
> <br>
> This saves crosslinks between chains A and B with lengths between 15 and 24.  The link colors and radii are also saved.<br>
> <br>
>       Tom<br>
> <br>
>> On Mar 6, 2019, at 2:33 AM, Pascal Albanese wrote:<br>
>> <br>
>> Dear ChimearX Users and developers, <br>
>> I'm using ChimeraX for visualization and analysis of pseudobonds datasets from Crosslinking-MS and i found new features very useful (min max selection etc). <br>
>> I think it would be useful (but i don't know how much effort will be required) to be able to select subsets of distances (e.g. form 15 to 24 Angstroms, or involving chain A and B) and being able to create and export these subsets. for instance i have a Complex of A, B and C and i want to select all pseudo-bonds involving A and B and export them as pb file (to be able to load them as a separate model lateron). Or to sel min 15 max 24, and then export them as pb file (with "save" function). <br>
>> <br>
>> I think it would be really useful for both crosslinks visualization and analysis (i work with datasets of thousands of crosslinks on big complexes which make difficult to subselect them, i have to do it with pymol, then generate subsets and reformat them as .pb files). <br>
>> <br>
>> i had a look to previous threads, but i didn't found similar topics. If i'm wrong my apologize.<br>
>> Thank you!<br>
>> Pascal<br>
<br>
</blockquote></div></div>
_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_-4060618225168716663gmail_signature"><div dir="ltr"><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font face="times new roman, serif" size="2">Pascal Albanese, PhD</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Post-doc</b>, Politecnico di Torino<br></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Dipartimento DISAT,</font></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">BioSolar Lab@Environment Park</font></p><p><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Via Livorno 60</span></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">10144 Torino</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">e-mail: <a href="mailto:pascal.albanese@polito.it" target="_blank">pascal.albanese@polito.it</a> </font><br></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1"><br></font></p><font size="1">Phone number: <a href="tel:+39%20011%20225%207655" value="+390112257655" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">+39 011 2257655</a></font><br><div><br></div></div></div>