<div dir="ltr">Dear Tom, <div><br></div><div>Thank for the add, it works and is very useful. However, I don't know if I might haven't explained well: I have a complex set of pseudobonds (let's say #2) involving several Chains of #1. In the "crosslinks network" feature I'm able to subselect chains, but not subgroups of pseudobonds involving, for instance, chains A and B (can be either clicking on the network or with the command line). Would be possible to add this? </div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>Pascal</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mer 6 mar 2019 alle ore 21:37 Pascal Albanese <<a href="mailto:pascal.albanese@polito.it">pascal.albanese@polito.it</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="auto">This is great! </div></div><div dir="auto">Thanks,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I’ll try tomorrow and give u some feedback. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">P</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mer 6 mar 2019 alle 21:33 Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hi Pascal,<div><br><div>  I added the ability to save pseudobond files (.pb suffix) in ChimeraX, will be in tonight's builds,</div><div><br></div><div><span class="gmail-m_752415843852785214m_-4112658195249183482Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">       </span>select /A,B min 15 max 24</div><div><span class="gmail-m_752415843852785214m_-4112658195249183482Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">       </span>save somelinks.pb selectedOnly true</div><div><br></div><div>This saves crosslinks between chains A and B with lengths between 15 and 24.  The link colors and radii are also saved.</div><div><br></div><div><span class="gmail-m_752415843852785214m_-4112658195249183482Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">    </span>Tom</div><div><br></div><div><br><blockquote type="cite"></blockquote></div></div></div><div style="overflow-wrap: break-word;"><div><div><blockquote type="cite"><div>On Mar 6, 2019, at 2:33 AM, Pascal Albanese wrote:</div><br class="gmail-m_752415843852785214m_-4112658195249183482Apple-interchange-newline"></blockquote></div></div></div><div style="overflow-wrap: break-word;"><div><div><blockquote type="cite"><div></div></blockquote></div></div></div><div style="overflow-wrap: break-word;"><div><div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Dear ChimearX Users and developers, <div><br></div><div>I'm using ChimeraX for visualization and analysis of pseudobonds datasets from Crosslinking-MS and i found new features very useful (min max selection etc). </div><div>I think it would be useful (but i don't know how much effort will be required) to be able to select subsets of distances (e.g. form 15 to 24 Angstroms, or involving chain A and B) and being able to create and export these subsets. for instance i have a Complex of A, B and C and i want to select all pseudo-bonds involving A and B and export them as pb file (to be able to load them as a separate model lateron). Or to sel min 15 max 24, and then export them as pb file (with "save" function). </div><div><br></div><div>I think it would be really useful for both crosslinks visualization and analysis (i work with datasets of thousands of crosslinks on big complexes which make difficult to subselect them, i have to do it with pymol, then generate subsets and reformat them as .pb files). </div><div><br></div><div>i had a look to previous threads, but i didn't found similar topics. If i'm wrong my apologize.</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>Pascal</div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_752415843852785214m_-4112658195249183482gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font face="times new roman, serif" size="2">Pascal Albanese, PhD</font></div><div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Post-doc</b>, Politecnico di Torino<br></font></div><div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Dipartimento DISAT,</font></div><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">BioSolar Lab@Environment Park</font></p><p><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small"><a href="https://maps.google.com/?q=Via+Livorno+60+10144+Torino&entry=gmail&source=g" target="_blank">Via Livorno 60</a></span></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://maps.google.com/?q=Via+Livorno+60+10144+Torino&entry=gmail&source=g" target="_blank">10144 Torino</a></font></p><div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">e-mail: <a href="mailto:pascal.albanese@polito.it" target="_blank">pascal.albanese@polito.it</a> </font><br></div><div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1"><br></font></div><font size="1">Phone number: <a href="tel:+39%20011%20225%207655" value="+390112257655" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">+39 011 2257655</a></font><br><div><br></div></div></div></div></div></div></blockquote></div></div></div><div style="overflow-wrap: break-word;"><div><div><blockquote type="cite"><div>
_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_752415843852785214gmail_signature"><div dir="ltr"><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font face="times new roman, serif" size="2">Pascal Albanese, PhD</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Post-doc</b>, Politecnico di Torino<br></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Dipartimento DISAT,</font></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">BioSolar Lab@Environment Park</font></p><p><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Via Livorno 60</span></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">10144 Torino</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">e-mail: <a href="mailto:pascal.albanese@polito.it" target="_blank">pascal.albanese@polito.it</a> </font><br></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1"><br></font></p><font size="1">Phone number: <a href="tel:+39%20011%20225%207655" value="+390112257655" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">+39 011 2257655</a></font><br><div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font face="times new roman, serif" size="2">Pascal Albanese, PhD</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Post-doc</b>, Politecnico di Torino<br></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Dipartimento DISAT,</font></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">BioSolar Lab@Environment Park</font></p><p><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Via Livorno 60</span></p><p><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">10144 Torino</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">e-mail: <a href="mailto:pascal.albanese@polito.it" target="_blank">pascal.albanese@polito.it</a> </font><br></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1"><br></font></p><font size="1">Phone number: <a href="tel:+39%20011%20225%207655" value="+390112257655" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">+39 011 2257655</a></font><br><div><br></div></div></div>