<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Elaine,<br></div>Thanks for your fast reply.<br>I (1) saved the trajectory as a multi-model PDB file (11 models, like an NMR ensemble), <br>(2) loaded the ensemble PDB back to ChimeraX,<br>(3) rendered each model as a surface,<br></div><div dir="ltr">then (4) tried to color the surfaces as a rainbow, but the last step [step: (4)] only produces red surfaces, not a rainbow.<br><b>rainbow chain palette red:blue</b><br><b><b>rainbow polymers palette red:blue</b></b></div><div>Steve<br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Feb 14, 2019 at 12:25 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Steve,<br>
Yes, you have to have equal numbers of chains in the two structures on either end of a morph.  This is in the “Limitations"<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/morph.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/morph.html</a>><br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/morph.html#limitations" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/morph.html#limitations</a>><br>
<br>
You cannot morph only the surfaces; instead you would morph the atomic structures and then show surface for the trajectory as it morphs (in effect, you would just see the surface morphing).<br>
<br>
I can’t think of any easy way to gradually change the color of the surface over the trajectory, though.  A somewhat tedious way would be to save the trajectory as a multi-model PDB file, then reopen (it would show all the frames at the same time like an NMR ensemble), then “rainbow” with your desired palette, say red->blue, then surface each one, then show each one in trajectory order, hiding the others.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Feb 14, 2019, at 9:13 AM, Steve Chou <<a href="mailto:stevezchou@gmail.com" target="_blank">stevezchou@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear ChimeraX team,<br>
> 1. Can ChimeraX morph between two surfaces (surfaces generated from two PDBs, not maps)?<br>
> 2. During morphing, can the color also change gradually from one color (one conformation colored in red) to another color (another conformation colored in blue)?<br>
> 3. The following command works if #1 has only one chain. <br>
> morph #2 #1/L frames 10  <br>
> When there are several chains in #1, ChimeraX stopped with an error (ValueError: models have different number of chains).<br>
> Thanks in advance!<br>
> Steve<br>
> -- <br>
> Steve Chou<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Steve Chou</div><div><br></div><br></div></div></div></div>