<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear ChimeraX support team,<br>I tried the following command first - it worked well.<br>==================<br>match #1/A to #2/A<br>==================<br></div><div>Then I tried to align the two molecules using parts of them - it didn't work and complained that "No chains in reference structure PROT.pdb #2 compatible with BLOSUM-62 similarity matrix."<br>==================<br>matchmaker #1/A:10-20@CA to #2/B:10-20@CA<br>==================<br></div><div>System Info:<br>==================<br></div><div><p style="margin:0px;text-indent:0px;white-space:pre-wrap">Platform: Linux-3.10.0-862.el7.x86_64-x86_64-with-redhat-7.5-Maipo</p></div><div dir="ltr"><div>ChimeraX version: 0.9 (2019-02-05)<br>==================<br></div><div>Thank a bunch!<br></div><div>Steven<br></div><div><br></div><div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Steve Chou</div><div><br></div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>