<div dir="ltr">Hi Mr. Pettersen,<div><br></div><div>I am trying to analyze how an enzyme will interact with a new substrate that it is introduced to. Do you happen to know what software you suggested would be best for that analysis? </div><div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">Best regards,</font><div><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">Srigouri Oruganty</font></div><div><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">Pronouns: She, her, hers</font></div><div><a href="mailto:sri.oruganty@gmail.com" target="_blank"><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">sri.oruganty@gmail.com</font></a></div><div><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">(610)-207-6325</font></div><div><br></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Dec 27, 2021 at 5:39 PM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Srigouri,<div><span style="white-space:pre-wrap"> </span>The black frames are typically symptomatic of a system that "blew up", i.e. some atoms were not correctly parameterized and consequently wound up directly on top of one another during the simulation, which results in an infinite energy and immediately thereafter coordinates that go to infinity; hence the black frames.</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Chimera and the Molecular Modeling Toolkit (MMTK) that it employs can always correctly parameterize standard amino and nucleic acids (and water), so it would be other molecules in your system that are producing the parameterization problem.  If these other molecules are not important to your reason for running the simulation, you could simply delete them before beginning the entire MD process.</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>If they are important, then you would have to use a more expert-level simulation package in order to develop the proper set of parameters and run your simulation -- which will be quite challenging.  Some example simulation packages include Amber, Gromacs, Namd, Charmm, and OpenMM.</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Dec 26, 2021, at 8:48 AM, Sri Oruganty via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am a senior in high school, and I was interested in learning about proteins and mutations. I download Chimera to run MD simulations on a specific protein, but not all the frames are loading. After the frame number gets to a certain point (i.e. 14) every subsequent frame is completely blank. Why is this happening? <br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">Best regards,</font><div><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">Srigouri Oruganty</font></div><div><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">Pronouns: She, her, hers</font></div><div><a href="mailto:sri.oruganty@gmail.com" target="_blank"><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">sri.oruganty@gmail.com</font></a></div><div><font face="verdana, sans-serif" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#9900ff">(610)-207-6325</font></div><div><br></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>