<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Dear Elaine,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Thank you so much for your quick reply.  The ChimeraX is much faster than Chimera. With vol resample, I was able to get the new individual map on fitted positions. </div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
BTW, for any other user's future reference, Clara Altomare pointed out the following command could add multiple density map together: vop add #1-99</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Thanks,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Huabin</div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt; font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; color:rgb(33,33,33)">
<br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt; font-size:11pt; font-family:Calibri,sans-serif; color:rgb(33,33,33); background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</p>
</div>
</div>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Sent:</b> 13 December 2021 14:23<br>
<b>To:</b> Chimera <chimera-users@cgl.ucsf.edu>; Huabin Zhou <Huabin.Zhou@UTSouthwestern.edu><br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Save multiple fitted maps in Chimera</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText">EXTERNAL MAIL<br>
<br>
If you use ChimeraX instead (which has the same fitting capabilities), saving a ChimeraX session has an option to include density maps in the file.  However, it sounds like that might be an extremely huge file, perhaps impractically large.<br>
<br>
In general, however, ChimeraX is much better/faster for working with large data than Chimera.<br>
<br>
ChimeraX sessions:<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html#session">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html#session</a>><br>
<br>
ChimeraX homepage, download quick link is on the left<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/index.html">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/index.html</a>><br>
<br>
Elaine<br>
<br>
> On Dec 13, 2021, at 12:14 PM, Elaine Meng via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:<br>
><br>
> Dear Huabin,<br>
> You could save a Chimera session, but you'd also need to keep the input tomogram files and density map files in their current locations since the session file does not include them.<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/sessions.html">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/sessions.html</a>><br>
><br>
> For saving multiple maps to one file, I believe the only choice is "Chimera map format"<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#output">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#output</a>><br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#chimap">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#chimap</a>><br>
><br>
> HOWEVER, as I understand it, simply saving a map to a file does not preserve any rotations and translations of that map such as from fitting.  So first you may need to resample each density map to create a new density map in the new orientation, as discussed
 here:<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#afterfitting">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#afterfitting</a>><br>
><br>
> I hope this helps,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
><br>
>> On Dec 13, 2021, at 11:59 AM, Huabin Zhou via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:<br>
>><br>
>> Dear Chimera team and users,<br>
>> I am trying fit hundreds of protein density maps into a tomogram by manually adjusting their positions. After the placement, I found I can't save all the maps together in a single mrc file. Is there anyway to do so? Or is there a way to extract the relative
 orientations of the individual models?<br>
>> Thank you!<br>
>> Best,<br>
>> Huabin<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
> Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">
https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
CAUTION: This email originated from outside UTSW. Please be cautious of links or attachments, and validate the sender's email address before replying.<br>
</div>
</span></font></div>
<br>
<hr>
<table border="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td><!-- Copyright 2015. UT Southwestern Medical Center 12082014v1 -->
<p align="right" style="text-align:right"><span style="font-size:17pt;letter-spacing:-3px;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:#0054A0;font-weight:bolder;">UT</span><span style="font-size:17pt;letter-spacing:-0px;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:#0054A0;font-weight:bolder;">
 Southwestern</span> </p>
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<p align="right" style="text-align:right"><span style="font-size:13pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:#666D70;">Medical Center</span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>
<p style="text-align:right"><span style="font-size:10pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"; color:#666D70;">The future of medicine, today.</span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</body>
</html>