<div dir="ltr">Dear Elaine and Tom,<div>Thanks for your kind reply.</div><div>I am very happy to get good information, and I will try ChimeraX!</div><div><br></div><div>Best regards</div><div>Si Hoon Park</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">2021년 12월 10일 (금) 오후 3:12, Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>>님이 작성:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I suggest you use ChimeraX.  We have not developed Chimera for a long time and ChimeraX does all this map stuff and we are more likely to answer questions about ChimeraX.<br>
<br>
        Tom<br>
<br>
<br>
> On Dec 9, 2021, at 10:55 AM, Elaine Meng via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Si Hoon Park,<br>
> That's a lot of questions!  I will try to number them separately.<br>
> <br>
> (1) Chimera can read some IMOD file types.  Here is the list of the file types Chimera can read:<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html</a>><br>
> <br>
> In the volume (density-map) category, IMOD map:<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#volume" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#volume</a>><br>
> <br>
> In the 3D object category, IMOD segmentation:<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#object" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#object</a>><br>
> ... as further described here:<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/imod.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/imod.html</a>><br>
> <br>
> (2) Chimera also has many options for map filtering and masking.  See the "volume guide"<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/volumetour/volumetour.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/volumetour/volumetour.html</a>><br>
> <br>
> ...and specific documentation for many Volume-related tools (menu: Tools... Volume Data... Volume Viewer and others), commands "volume" "vop" and "mask" and others:<br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/framevolumeviewer.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/framevolumeviewer.html</a>><br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#organization" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#organization</a>><br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html</a>><br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html</a>><br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mask.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mask.html</a>><br>
> <br>
> (3) You can hand-draw in Chimera by putting markers on slices with Volume Tracer and then combining the markers to make surfaces (also using that same tool). <br>
> <<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumepathtracer/framevolpath.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumepathtracer/framevolpath.html</a>> <br>
> However, this is very labor-intensive and if you already have a surface created by some other means (e.g. reading in IMOD segmentation files) you can use that surface for masking instead of drawing it by hand.<br>
> <br>
> (4) I don't understand the inverting problem so I couldn't say how to fix it, sorry.  If possible, please explain it more or give a specific example to help us better understand.<br>
> <br>
> I hope this helps,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
> <br>
> <br>
>> On Dec 8, 2021, at 9:28 PM, 박시훈 via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
>> <br>
>> Dear chimera-users community,<br>
>> I have questions about opening IMOD files in Chimera software.<br>
>> Can I open the IMOD  files (*.mod) in Chimera? Or, Can I make a hand-drawn mask file in Chimera? I could apply several filters and masks in my iso-surface map, however, I don't know how to apply these options in Chimera. Moreover,  the reconstructed tomograms were shown to the inverted iso-surface map unlike IMOD.. Can I re-invert the iso-surface map in Chimera?<br>
>> <br>
>> Best regards<br>
>> Si Hoon Park<br>
>> <br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
> <br>
<br>
</blockquote></div>