<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    Hi Rakesh,<br>
    <br>
      Chimera Fit in Map and also the measure correlation command by
    default only compute the cross-correlation within the displayed
    envelope of the first map.  So it should give the masked value you
    are looking for, although the actual value will depend sensitively
    on the surface level of the first map that you choose since that
    will control which grid points near the boundary of your fragment
    are included.  There is no right answer about how tightly to mask
    and since the correlation value is so sensitive to that it is not
    too meaningful to try to compare correlation values although people
    do it anyways.<br>
    <br>
      Check out the measure correlation and fit in map docs for more
    details<br>
    <br>
       
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html#correlation">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html#correlation</a><br>
    <br>
       
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/fitmaps/fitmaps.html">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/fitmaps/fitmaps.html</a><br>
    <br>
      Tom<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 12/6/2021 5:09 PM, Rakesh
      Ramachandran wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CADZzdKYwmXNgdZ1i1Jfhk8yec6vXrtBghiT_t+qeQPv0fSL7Og@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">Sorry, what I meant was say I am fitting a
        fragment into a large map, the cross correlation should be
        calculated only around the fitted region of the fragment, that
        is any voxels outside the fragment location should not be taken
        into account in the cross-correlation score. 
        <div><br>
        </div>
        <div>I need this because I am fitting fragments of different
          sizes into a map and I tend to get quite similar cross
          correlation scores even though principally it should.</div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Dec 6, 2021 at 5:03 PM
          Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net"
            moz-do-not-send="true">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div> Hi Rakesh,<br>
            <br>
              I don't understand what you mean by "length normalized by
            masking".  Chimera can compute cross-correlation using the
            Fit in Map panel.  If you are fitting an atomic model to the
            map it needs to simulate a map from the atomic model  since
            correlation is between two maps.  You do that using the "Use
            map simulated from atoms" option in the Fit in Map panel
            Options pane.<br>
            <br>
                Tom<br>
            <br>
            <br>
            <div>On 12/6/2021 4:00 PM, Rakesh Ramachandran wrote:<br>
            </div>
            <blockquote type="cite">
              <div dir="ltr">Hi Tom,
                <div>  </div>
                <div>   I am using Chimera Fit in Map for EM fitting.
                  Though it does fit well, I want to calculate a cross
                  correlation score based on the model map size, that is
                  the cross correlation should be length normalized by
                  masking the rest of the map.<br clear="all">
                  <div><br>
                  </div>
                  -- <br>
                  <div dir="ltr">
                    <div dir="ltr">Regards<br>
                      Rakesh Ramachandran<br>
                    </div>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br clear="all">
      <div><br>
      </div>
      -- <br>
      <div dir="ltr" class="gmail_signature">
        <div dir="ltr">Regards<br>
          Rakesh Ramachandran<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>