
<html>

  <head>

    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body>

    Hi Rakesh,<br>

    <br>

      I don't understand what you mean by "length normalized by

    masking".  Chimera can compute cross-correlation using the Fit in

    Map panel.  If you are fitting an atomic model to the map it needs

    to simulate a map from the atomic model  since correlation is

    between two maps.  You do that using the "Use map simulated from

    atoms" option in the Fit in Map panel Options pane.<br>

    <br>

        Tom<br>

    <br>

    <br>

    <div class="moz-cite-prefix">On 12/6/2021 4:00 PM, Rakesh

      Ramachandran wrote:<br>

    </div>

    <blockquote type="cite"

cite="mid:CADZzdKYMSFqFEDCUtGriYETkMNFca7o77tEm4+NdLT8OSNAYBg@mail.gmail.com">

      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">

      <div dir="ltr">Hi Tom,

        <div>  </div>

        <div>   I am using Chimera Fit in Map for EM fitting. Though it

          does fit well, I want to calculate a cross correlation score

          based on the model map size, that is the cross correlation

          should be length normalized by masking the rest of the map.<br

            clear="all">

          <div><br>

          </div>

          -- <br>

          <div dir="ltr" class="gmail_signature"

            data-smartmail="gmail_signature">

            <div dir="ltr">Regards<br>

              Rakesh Ramachandran<br>

            </div>

          </div>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>