<div dir="ltr">Thanks Elaine for the help. I checked out ChimeraX & it is definitely much more user-friendly. The presence of the reply log at the right side really helps keep track of the actions one is performing and THANKS A LOT for the undo feature. I really miss it in Chimera. Still, I wonder if there is a way or a plugin to incorporate the "undo" command in chimera...</div><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Nov 8, 2021 at 9:35 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Prathvi,<br>
You can get all-by-all distances written to a file or the Reply Log by using Find Clashes/Contacts or the clashes command, by defining residue-A as the first set of atoms, residue-B as the second set of atoms, and and using a large negative cutoff value that will just get everything.  For example, if it's residue 10 in chain A of model 0 versus residue 50 in chain B of model 1, the command to send info to the Log could be something like<br>
<br>
findclash #0:10.A  test #1:50.B overlap -1000 log true<br>
<br>
(and/or use the saveFile option to save to file)<br>
<br>
Find Clashes/Contacts tool<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html</a>><br>
<br>
findclash command and its options<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/findclash.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/findclash.html</a>><br>
<br>
ChimeraX (our newer program) also has a tool and command to do this same thing, if you're interested.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Nov 8, 2021, at 3:39 AM, Prathvi Singh via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> Suppose I want to find the distance between all atoms of residue-A and residue-B & write the distances to a file. Is it possible to do so in a meaningful way?<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Prathvi Singh,<div>Research Fellow,<br><div>Department of Biological Sciences & Bioengineering,</div><div>Indian Institute of Technology, Kanpur-208016</div></div></div></div></div></div>