<div dir="ltr">Hello, Eric,<div><br>Sorry for the delay with response. But when I chose the Tools>Amder>Write Prmtop> in the menu Select force field type I only can select 6 force fields, and GAFF could not be chosen. </div><div><br>Could you please direct where in the Chimera menu I can select the option to build a GAFF force field using the menu "Write Prmtop"? </div><div><br>Best regards, <br>Victor<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">ср, 27 окт. 2021 г. в 20:58, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hi Victor,<div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>I'm not sure I understand the question.  The Write Prmtop tool will write a .prmtop file using GAFF types if necessary.  That prmtop file uses a somewhat older version of the prmtop format, but most tools will still read it.</div><div><br></div><div>--Eric<br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Oct 27, 2021, at 2:43 AM, Victor Nazarychev <<a href="mailto:nazarychev@imc.macro.ru" target="_blank">nazarychev@imc.macro.ru</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Dear Eric, <div><br></div><div>Thank you for your help.  </div><div><br></div><div>Maybe you know how to build *.prmtop file of substance namely in the GAFF force field, using Chimera's tools?</div><div><br></div><div>Best regards, </div><div>Victor </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">вт, 26 окт. 2021 г. в 20:14, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Victor,<br>
        Most of Chimera uses AmberTools18 (e.g. minimization; charge addition), but specifically the tools in the Tools→Amber menu use functionality provided by sleap, which is not distributed with current versions of AmberTools.  Those tools use AmberTools 1.5, which was released in 2011.<br>
<br>
--Eric<br>
<br>
        Eric Pettersen<br>
        UCSF Computer Graphics Lab<br>
<br>
<br>
> On Oct 26, 2021, at 2:21 AM, Victor Nazarychev via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Chimera's users, <br>
> <br>
> I built amber's .inpcrd and prmtop files using command write prmtop from Tools/Amber/Write Prmtop. I used Chimera 1.15 (build 42334), but how could I figure out what version of AmberTools is incorporated in this Chimera release? <br>
> <br>
> Best regards, <br>
> Victor<br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>