<div dir="ltr">Thank you so much Elaine for your quick response and help.<div>Many Thanks,</div><div>Thiru</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Oct 29, 2021 at 8:40 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Thiru,<br>
If the single structure is already oriented exactly with the stack direction in Z (or X or Y) then just open multiple copies of the structure and (**without rotating the view by hand** important!!) use the "move" command to place the copies along the axis.<br>
<br>
E.g. if the starting structure is oriented exactly so that you can stack them in Z  (in/out of screen direction), and you know they are supposed to be 35 angstroms apart, then:<br>
<br>
open myfile.pdb<br>
open myfile.pdb<br>
open myfile.pdb<br>
<br>
... then you would have models #0,1,2.  To stack (REMEMBER don't rotate the view by hand yet!):<br>
<br>
move z 35 model #1<br>
move z 70 model #2<br>
<br>
If it were X or Y axis instead of Z, then you would use x or y in the command instead of z.  If you mess up you can use command "reset" and then start over with the move commands.<br>
<br>
See "move" help:<br>
<<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__www.rbvi.ucsf.edu_chimera_docs_UsersGuide_midas_move.html&d=DwIFAg&c=slrrB7dE8n7gBJbeO0g-IQ&r=LB3Vh9WKySIt-j9ybcMrrw&m=W_iTL8zm-aasz2PWuQlh91HFZlluzIuOYNUkSse6VCg&s=hPTcvB8jZ7V052xezzJt_VpKl3mWKQVui_IsjGjRA_g&e=" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__www.rbvi.ucsf.edu_chimera_docs_UsersGuide_midas_move.html&d=DwIFAg&c=slrrB7dE8n7gBJbeO0g-IQ&r=LB3Vh9WKySIt-j9ybcMrrw&m=W_iTL8zm-aasz2PWuQlh91HFZlluzIuOYNUkSse6VCg&s=hPTcvB8jZ7V052xezzJt_VpKl3mWKQVui_IsjGjRA_g&e=</a> ><br>
<br>
After you are done opening/stacking, then you can rotate the view by hand.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Oct 29, 2021, at 2:29 AM, Thirumurugan Prakasam via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> I need help to stack the crystal structures stack on top of each other. For your understanding, I have just shown the image below something like that I wanted to make. Would you please help me with how to make stacked molecular structures using chimera?<br>
> <image.png><br>
> <br>
> Thanks,<br>
> Thiru<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,51,255)">Thirumurugan Prakasam,</span><br><span style="color:rgb(51,51,255);font-family:verdana,sans-serif">Research Scientist,</span><br><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,51,255)">New York
University Abu Dhabi,</span><br><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,51,255)">Experimental Research Building</span><br><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,51,255)">Building C1, Saadiyat Island</span><br><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,51,255)">Abu Dhabi, UAE</span></div><div dir="ltr"><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,51,255)">Phone no:
+971-561976358</span><p style="margin-bottom:0.0001pt">







</p><p><span style="font-family:serif,serif;color:rgb(51,51,255)"> <br></span></p></div></div></div></div></div></div>