<div dir="ltr">Best regard,<br style="">My name is Arley, I am a postgraduate student at the federal university of Lavras, Brazil.<br style="">I write this message because I have doubts about how to calculate the RMSD between two ligands after docking and redocking. My question is if Chimera works well to perform that calculation, since when for example I have two structures (ligands) that are, visually well superimposed and I calculate the value of RMSD with the use of the rmsd # 0 # 1 command, their value is high when compared With a structure that is not visually superimposed, why does that happen? Is it that chimera is not useful to carry out this task?<br style="">I appreciate you can help me with that concern.<br style=""><div style=""><br style=""></div><div style="">Att; </div><div style=""><br style=""></div><div style="">Arley </div></div>

<br>
<font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size:13px">Este e-mail foi enviado por um estudante da Universidade Federal de Lavras (UFLA). Caso esta mensagem possua algum conteúdo não apropriado, favor desconsiderá-la.</span></font>