<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi <span style="color:rgb(32, 31, 30);font-family:"Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Segoe UI", -apple-system, BlinkMacSystemFont, Roboto, "Helvetica Neue", sans-serif;font-size:14.6667px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">Elaine,</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="color:rgb(32, 31, 30);font-family:"Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Segoe UI", -apple-system, BlinkMacSystemFont, Roboto, "Helvetica Neue", sans-serif;font-size:14.6667px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">Thank
 you very much for your explanation!</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="color:rgb(32, 31, 30);font-family:"Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Segoe UI", -apple-system, BlinkMacSystemFont, Roboto, "Helvetica Neue", sans-serif;font-size:14.6667px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">Best,</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="color:rgb(32, 31, 30);font-family:"Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Segoe UI", -apple-system, BlinkMacSystemFont, Roboto, "Helvetica Neue", sans-serif;font-size:14.6667px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">Lei</span></div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Sent:</b> Monday, September 27, 2021 12:11 AM<br>
<b>To:</b> Lei Qian <leiqian@temple.edu><br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] question on protein structure change after matchmaker (position-change) operation</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt;">
<div class="PlainText">Hi Lei,<br>
Matchmaker itself does not change the structure. However, if you save a PDB file after moving any atomic structure (by any method), because of rounding you may get tiny differences comparing the structures before and after.  PDB file format only has 3 digits
 after the decimal in X,Y,Z coordinates.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 25, 2021, at 10:17 AM, Lei Qian via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:<br>
> <br>
> Dear users,<br>
> After aligning protein A to protein B using matchmaker, I found the protein A structure slightly changed compared with its original structure (RMSD: 0.001).<br>
> Could I ask how I can keep protein A structure unchanged after matchmaker (position-change) operation?<br>
> Thanks!<br>
> Lei<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</body>
</html>