<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Hi,</span><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Iím a student and Iím currently doing a thesis. </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Iíve never used Dock or Chimera before, so I followed some tutorials but now Iím a bit confused. </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">1. For five months Iíve saved the prepared receptors and the ligands as mol2, but I didnít choose ďwrite current selection to @SETS section
 of fileĒ.</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Iíve just read on Chimera that it ďmakes the currently selected atoms as a SET (as used to specify the rigid portion of a ligand in DOCK)Ē.
 The docking Iíve performed seemed to go, but is actually everything wrong because I didn't select the option? </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">2. Iíve generated the receptor without hydrogens after dockprep (so after assigning charges and hydrogens). Iíve deleted only hydrogens
 but maybe the charges are still there, is that an error?</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">3. Iíve always saved the receptor without hydrogens in mol2 instead of pdb, because Iíve seen this in some tutorials, but now Iíve read
 tutorials that save it in pdb. </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Is this another error? </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">I was able to generate the surface even with mol2 no hydrogens receptor and Iíve always toggle on ďuse untrasformed coordinatesĒ, but
 obviously the options to save the file change for mol2 and pdb.</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">4. I follow a tutorial online to download 3D molecules from ZINC20. Anodyne means there are no PAINS and no reactive groups? Is the most
 ďcleanĒ reactivity pattern?</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">5. I donít know how to organize all the directories and subdirectories downloaded with ZINC. I downloaded them in format mol2 and method
 curl, is that correct or shoul I use fot the virtual screening another format and method?</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">To perform a virtual screening, I need to save them in a single mol2 file? How can I do that without errors? I've seen the option "flat"
 in downloading method in ZINC, is this a way to download the molecules correctly for virtual screening?</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">6. I need to use Chimera, but even with ViewDock Iím not able to open so many molecules (190 822), how can I look at the results in the
 end? </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">7. Iíve saved the ligandsí mol2 files using sybyl-style hydrogen naming. Is that an error?</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">8. To perform the virtual screening using 3D molecules from the tranche browser of ZINC20, can I use them as they are or I need to edit
 them in some way (for example after downloading them, open them in Chimera and using add H and/or add charge)? </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">I need very specific indications about all these questions, because Iíve never done something similar, itís the very first time with
 all and Iím afraid of making mistakes.</span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">I apologize for the many questions, but I hope that someone can answer all my doubts. </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Thank you, </span><br style="caret-color:rgb(32, 31, 30);color:rgb(32, 31, 30);font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px">
<span style="margin:0px;font-family:UICTFontTextStyleBody;font-size:17px;color:rgb(32, 31, 30);caret-color:rgb(32, 31, 30)">Francesca. </span><br>
</div>
</body>
</html>