<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have a system consisting of a molecule intercalated into DNA. For a very specific application, I need to remove all the Sodium atoms from a PDB file and, in turn, add hydrogens to all the DNA phosphate groups (whatever the oxygen). Since for chimera that atom type is identified as O3- (possibly resonance-equivalent terminal oxygen on tetrahedral center (phosphate, sulfate, N-oxide), I have tried:</div><div><br></div><div>labelopt info idatmType<br></div><div>label #0</div><div>addh spec O3-<br></div><div><br></div><div>but it did not work.</div><div><br></div><div>You can find attached <span class="gmail-il">herewith</span> the pdb file. </div><div><br></div><div>Any help is appreciated.<br><br>Regards,<br></div><div><br></div><div>Sara<br><div><br></div><div><br></div></div></div>