
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi,</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I need to minimize two water molecules in the binding site of the protein: I don't want to move the oxygen, so I've selected only hydrogen atoms and then I' ve used the Minimize Structure tool (keeping fixed all atoms that are unselected).</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I can't do the minimization because there's an error: Chimera/MMTK cannot minimize structure, probably because there is no parameter for ''No parameters for bond Atom 0.CYS_394__0_0_1_397__A.N (atom type n) - Atom 0.GLY_393__0_0_1_396__A.peptide.C (atom type

 C)''</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I don't known what this means and what I should do to fix it.</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I've tried to use the command line, but there's another error.</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Does anyone have suggestions?</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Thank you.</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Francesca</div>

</body>

</html>