<div dir="ltr"><div>Hello all,</div><div><br></div><div>I'm trying to get surface patches of PDB structures in VTK format. So I want to define a patch as the set of atoms within a given radius of a specific residue, build the surface corresponding to that patch and export the result in VTK format. Additionally, I want to do all this with a python script. <br></div><div><br></div><div>Here the code I'm trying but doesn't work :</div><div><br></div><div><i>import pychimera<br>pychimera.patch_environ()<br>pychimera.enable_chimera()<br>import os<br>import chimera<br>from chimera import runCommand as rc</i></div><div><i><br></i></div><div><i>list_resid = [31, 64]</i></div><i>radius = 3<br>list_pdbs = ['ensayo.pdb']<br><br>for resid in list_resid:<br>    for line in list_pdbs:<br>        list_atoms = []<br>        rc('open '+line)<br>        rc('sel :{} za<{}'.format(resid, radius))<br>        for a in chimera.selection.currentAtoms():<br>            list_atoms.append('serialNumber=' + str(a.serialNumber))<br>        sel_atoms = ' or '.join(list_atoms)<br>        rc('surfcat patch @*/{}'.format(sel_atoms))<br>        rc('surface patch')<br>        rc("export format VTK {}_resid_{}_radius_{}.vtk".format(line[:-4], resid, radius))<br>                    <br>rc("close all")</i><div><br></div><div>Thanks in advance for your help.<br></div><div><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Diego A. Amaya Ramírez</div></div></div></div>

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<b style="color:rgb(34,34,34);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px;font-style:normal;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:6.5pt;line-height:9.96667px;font-family:"Ancizar Sans",sans-serif;color:black">Aviso legal:</span></b><span style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);font-size:6.5pt;line-height:9.96667px;font-family:"Ancizar Sans",sans-serif;color:black"> El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web </span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:Calibri,sans-serif;font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);font-size:6.5pt;line-height:9.96667px"><a href="http://www.unal.edu.co/" style="color:blue" target="_blank"><span style="font-family:"Ancizar Sans",sans-serif">www.unal.edu.co</span></a></span><span style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);font-size:6.5pt;line-height:9.96667px;font-family:"Ancizar Sans",sans-serif;color:black">.<u><span> </span></u>Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.</span><br><span style="color:rgb(245,132,111);font-family:ClearSans-Regular,Arial,Verdana,Helvetica,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"><span></span></span><span style="color:rgb(245,132,111);font-family:ClearSans-Regular,Arial,Verdana,Helvetica,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"><span></span></span>