<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Elaine<br>
    <br>
    Ran into a problem.<br>
    <br>
    I need to combine a Ligand and a Protein n in order to use LigPlot+
    to characterize the bound ligand in the active site of the protein.
    Both pdb files are attached.<br>
    <br>
    Following the steps in the URL you referenced:<br>
    <br>
    Open Chimera<br>
    Open Ligand<br>
    Open Protein<br>
    Open favorites --> Model Pane<br>
    ��� at this point the only active choice is 'activate all'<br>
    Click on Ligand<br>
    ��� copy/combine is now active<br>
    Right click Protein <br>
    Copy/Combine<br>
    ��� 2 combination is now aticve<br>
    Save 2.pdb<br>
    <br>
    Edit 2.pdb to conform with LigPlus+ pdb file format (2edited.pdb)<br>
    <br>
    Open 2.pdb in� LigPlot+<br>
    <img alt="" src="cid:part1.09030803.05010501@sbcglobal.net"
      height="598" width="802"><br>
    Oops - and other not printable comments. Not exactly the expected
    result.� Just what is the problem?<br>
    <br>
    HETATM�� 25� H� UNLD���� 1���� -25.457� -6.079 183.671� 0.00�
    0.00���������� H<br>
    MDL<br>
    ATOM����� 1� N�� SER A� 13���� -59.051� 40.339 226.398� 0.00�
    0.00����� AS1� N<br>
    �������������������������������
    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ �� <br>
    Misaligned fields! (Unfortunately, I didn't know this was the
    problem., but the author of LigPlot+ did)<br>
    <br>
    What did I do/fail to do in Chimera?<br>
    <br>
    Thanks in advance.<br>
    <br>
    ��� ��� Steve<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 04/24/2021 06:41 PM, Elaine Meng
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:65154B98-0607-4DDA-B13A-F0C0D159ED7C@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">
      <pre wrap="">Hi Stephen,
Probably you just need to combine the ligand and receptor into a single model before saving to a PDB file, instead of saving the two models to a single multimodel PDB file.  This is usually the problem when you want to use some other program afterward for ligand-receptor analysis, and I see that your file has two models in it instead of a single model with both receptor and ligand.

For example, see instructions in this recent post on how to combine the models before saving:
<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="https://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2021-March/017672.html"><https://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2021-March/017672.html></a>

I hope this helps,
Elaine 
-----
Elaine C. Meng, Ph.D.                       
UCSF Chimera(X) team
Department of Pharmaceutical Chemistry
University of California, San Francisco

</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">On Apr 24, 2021, at 5:42 AM, Stephen P. Molnar <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:s.molnar@sbcglobal.net"><s.molnar@sbcglobal.net></a> wrote:

I am using Chimera v-1.14 (build 42094) on my Debian Buster Linux computer and have run into a problem saving a pdb file containing two pdb files.

The files are attached to this email.This is a portion of the combined flies:

<Screenshot_2021-04-24_08-29-16.png>

The structure of the D21.pdb file isthe ball image.

I followed the instructions in the Building Structures, Modifying and Saving Data in the Help pages.

However, when I open DD21Mod1 in LigPlot to identify the docked ligand I get:

<Screenshot_2021-04-24_08-30-37.png>

Clearly, this is not the ligand docked int the active site. I have used LigPlot on a number of pdb files with good results and am forced to conclude that there is a problem with D21Mod1.pdb.

I would appreciate help in solving this problem.

Thanks in advance.
-- 
Stephen P. Molnar, Ph.D.

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.molecular-modeling.net">www.molecular-modeling.net</a>

614.312.7528 (c)
Skype:  smolnar1


<D21.pdb><D21Mod1.pdb><Mod1.pdb>_______________________________________________
Chimera-users mailing list: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
Manage subscription: <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
      </blockquote>
      <pre wrap="">

</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Stephen P. Molnar, Ph.D.
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.molecular-modeling.net">www.molecular-modeling.net</a>
614.312.7528 (c)
Skype:  smolnar1

</pre>
  </body>
</html>