<div dir="ltr">Thank you Elaine and Tom,<div><br></div><div>Elaine, even after changing the .py and restarting chimera, the model points won't open... But thank you for the help anyway.</div><div>Tom, I will wait for tomorrow to download ChimeraX, thanks!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Luiza</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, 12 Dec 2020 at 19:11, Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Luiza,<br>
<br>
Our newer program ChimeraX can read points from imod files.  You have to open it with the "contours true" option, for example,<br>
<br>
        open ~/Desktop/particles.imod contours true<br>
<br>
Documentation<br>
<br>
        <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/formats/imod.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/formats/imod.html</a><br>
<br>
I just tested it and it gave an error.  I fixed the code so tonight's ChimeraX build will be able to read IMOD points and contour lines.  The daily builds are below the releases on the download page<br>
<br>
        <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html#daily" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html#daily</a><br>
<br>
  Tom<br>
<br>
<br>
> On Dec 12, 2020, at 3:33 AM, Luiza Mendonça <<a href="mailto:luiza@strubi.ox.ac.uk" target="_blank">luiza@strubi.ox.ac.uk</a>> wrote:<br>
> <br>
> Good morning,<br>
> <br>
> Is it possible to open IMOD .mod file in chimera?<br>
> I am trying to do so, and I select the IMOD .mod file in the pop-up window asking about the file type, but nothing is showing up (blue initial chimera window unchanged), even though the log states 'finished opening file'.<br>
> My .mod file is just XYZ scattered points. Do I need to do any conversion before being able to open it?<br>
> I appreciate any help.<br>
> <br>
> Best,<br>
> Luiza Mendonca<br>
> Zhang Lab<br>
> University of Oxford<br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>