<div dir="ltr">Hi Elaine,<div><br></div><div>I think I get what that means, however, how can I calculate the number of frames needed for the entire playRange? </div><div><br></div><div>The other thing that I'm rather confused about is that when I run the following command: </div><div><br></div><div>vop morph #1,0,2,6,0,1 playStep 0.1 hideOriginalMaps true interpolateColors true frames 500 modelID #3</div><div><br></div><div>I get a morph that would correspond to 1->0

->2

->6

->2

->0

->1!!! Why is it showing 2 a second time?! I tried to restart chimera but the issue remains!</div><div><br></div><div>P.s. is there a way to set the "volume viewer step" for the morph, so I don't have to set it manually in the viewer and then supply the modelID such as what's above?</div><div><div><br></div><div>Thank you so much. </div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Nov 15, 2020 at 12:26 PM Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks a lot Elaine. The command line seems to work, but the gui does have nice features! This part is rather confusing <br><br>" If the number of frames and step increment are more than needed to reach the playRange bounds (default is the entire range: 0.0,1.0), the morph display will “bounce” back and forth."<br><br>So I wonder how to play the morph back and forth similar to the gui, and actually, how to only play the morph in a single direction, but from the gui. I also wonder if there's a quick record option similar to the gui, or do I have to use movie encode? It would also help if I can find the log of how all these gui commands are passed to chimera so I can customize it and use it for  the command line interface. <br><br>Cheers. <br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Nov 15, 2020 at 9:46 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
To morph between multiple maps (more than two) you have to use the command "vop morph" instead of the Morph Map tool.  For example,<br>
<br>
vop morph #1,2,5<br>
<br>
... but there are a lot of additional command-line options that you may want to use, see:<br>
<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#morph" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#morph</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Nov 14, 2020, at 9:06 PM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Is there a way to morph multiple volumes into a single movie? I tried morphing two maps first with the hope that I can do another morph between the resulting morph and a third map, but it didn't work. Any suggestions or easy alternatives to join the morphs together?<br>
> <br>
> Thanks.  <br>
<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>