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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I really enjoy working with Chimera (version 1.14), however I encounter two  problems:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I fitted the X-ray based crystal structure of apoferritin to my cryo-EM density map, determined the symmetry and based on that the algorithm fits 24 subunits to the map. Really nice.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Now I would like to show a “sliced” image of both map and structure. I tried doing so by “Side view”, enabling “clip”. That works, but I would like to rotate the clipped object.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Then I tried per-model-clipping. Here I can clip the map and structures separately. However, I have to choose all fitted (e.g. 12 out of 24) substructures and the clipping works only partially.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">What am I doing wrong?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Also, I tried to figure out the best contour level setting. It seems there is no guide as to which is ideal? Based on a tutorial, I assumed 1 A³/Da for a globular protein, which turns out to be around 620*10³ A³
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">for my protein. The problem here is: If I slide beyond approx.. 550*10³ A³ all that remains is a square. What’s wrong?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I hope you can help me out </span><span lang="EN-US" style="font-family:Wingdings">J</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Kind regards<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Philipp<o:p></o:p></span></p>
</div>
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