<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am Izzati. I have a few queries on UCSF Chimera. I need your guide to use the tools. I have two questions. Below are the questions:</div><div><br></div><div>1.I would like to do energy minimisation for protein structure with PDB ID: 2J9F. I click Structure editing > Minimize Structure.  To be honest, I don't know how to set the settings. 

I used the default setting and a warning pops up as the attached picture. Do you have any suggestion of reference that I can refer to, to do the energy minimisation?</div><div><img src="cid:ii_kgdtt9m40" alt="5.png" width="543" height="305"><br></div><div><br></div><div>2. I need to also do molecular dynamics for my research. May I know whether I can use chimera to run molecular dynamics as well. If yes, where can I refer to the tutorials? </div><div><br></div><div>Thank you in advance for your response.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Izzati.</div><div><br></div><div><br></div></div>