<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    <p>Dear Edmund,</p>
    <p>to my knowledge the SwissPDB Viewer, now Deep View, perform this
      task. When you open a pdb file lacking some residues it directly
      fills the gaps and gives a message that the build residues are in
      a different color (pink or purple, I guess).</p>
    <p>Best</p>
    <p>Marco</p>
    <p><br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">Il 14/10/2020 04:19, Edmund Marinelli
      ha scritto:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAHiGUJiWN1_aoGSy_+un+aWH_a30bccijQyefsNhyt9SEgn1uQ@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">Hello Elaine:
        <div><br>
        </div>
        <div>So far I find no service that does what Modeller does,
          believe it or not. As an example Swiss-Model failed to fill in
          the missing residues, to my surprise.  A couple of web
          services that I ran across rely on Modeller and one has to buy
          a license for Modeller or at least convince the Modeler lab
          that you are not commercial and qualify as academic, which is
          harder to do than one might think.  There does exist the
          French server Pepfold3 and related versions but those don't
          handle the entire protein; instead one might get a 30-mer
          modeled 'on its own'.  Then comes the question of : how would
          one mate that piece , which might have a different
          coordinate frame of reference , to the protein which lacks
          those residues in the PDB.  This is a question, which on its
          own, is important.  If you have any insight to that issue I
          would appreciate it.  </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>If you know of any service that actually models the protein
          and rebuilds the missing residues (note that the missing
          residues are listed in the PDB file , but of course no
          coordinates); I would be appreciative to know what they are.  </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Best regards, </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Edmund R Marinelli (Ed)  </div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Oct 13, 2020 at 4:52
          PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu"
            moz-do-not-send="true">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello
          Edmund,<br>
          No.  However, there are probably dozens (hundreds?) of web
          services that will model proteins and write out PDB files that
          you can then open in any molecular graphics program.<br>
          <br>
          Within Chimera, besides the Modeller interface, you can
          "manually" build peptides of specified sequence and phi/psi
          angles and join them together (see Build Structure tool), or
          add amino acid residues one by one at the terminus ("addaa"
          command) or virtually mutate residues ("swapaa" command or
          Rotamers tool).<br>
          <br>
          Build Structure<br>
          <<a
href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html"
            rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html</a>><br>
          Rotamers<br>
          <<a
href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/framerot.html"
            rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/framerot.html</a>><br>
          addaa<br>
          <<a
            href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/addaa.html"
            rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/addaa.html</a>><br>
          swapaa<br>
          <<a
href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html"
            rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html</a>><br>
          <br>
          I hope this helps,<br>
          Elaine<br>
          -----<br>
          Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
          UCSF Chimera(X) team<br>
          Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
          University of California, San Francisco<br>
          <br>
          > On Oct 13, 2020, at 4:22 PM, Edmund Marinelli <<a
            href="mailto:edmundmarinelli@gmail.com" target="_blank"
            moz-do-not-send="true">edmundmarinelli@gmail.com</a>>
          wrote:<br>
          > <br>
          > Hello:<br>
          > I see that Chimera uses Modeller for modeling missing
          residues .  Does Chimera have access to any other web based
          services that would perform similar function?  <br>
          > Thanks,<br>
          > Edmund R Marinelli, PhD <br>
          > <br>
          <br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
Manage subscription: <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr.Marco Sette, Ph.D.
Department of Chemical Sciences and Technology
University of Rome, "Tor Vergata"
via della Ricerca Scientifica, 00133, Rome, Italy
e-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:sette@uniroma2.it">sette@uniroma2.it</a>
e-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:m77it@yahoo.it">m77it@yahoo.it</a>
Tel.: +39-0672594424
Fax: +39-0672594328
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://stc.uniroma2.it/?page_id=622&cn-entry-slug=marco-sette">http://stc.uniroma2.it/?page_id=622&cn-entry-slug=marco-sette</a></pre>
  </body>
</html>