<div dir="ltr">Thanks a lot for the response, I can send data if necessary, but it likely has to do with options / resolution<div><br></div><div>The higher resolution of map2 is, the sharper the subtraction. I tried using a finer gridSpacing but it doesn't change much! </div><div><br></div><div>Does the map threshold factor into the subtraction? </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 29, 2020 at 10:05 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
To my knowledge the map subtraction is precise.  But if you think there is a problem, you will need to give a precise and detailed description of exactly what you did, including the data files and all the steps needed to show the problem, and why you believe there is a problem (and possibly use menu: Help... Report a Bug, instead of sending e-mail here).  If we can't reproduce a problem, we can't fix it!<br>
<br>
It may be that you need to create the molmaps with smaller grid spacing to give a more precise result.<br>
<br>
molmap details and options:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html</a>><br>
<br>
vop subtract details and options:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#subtract" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#subtract</a>><br>
<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 29, 2020, at 9:55 AM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
>  I'm trying to subtract two overlapping molmaps: map1-map2, but the subtraction ends up removing too much of map1 where map2 doesn't overlap with map1! <br>
> <br>
> how can I get precise subtraction? <br>
<br>
</blockquote></div>