<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Dear sir,<br><br></div>I have 100 pdb files. named as output.1.pdb to output.100.pdb<br></div>what i do manually for clustering is as follows<br><br></div>1. select 100 pdbs ->  open in chimera -> golto <b>File </b>-> <b>save PDB.. </b>-> <b>Save Multiple Models as PDB File </b>(renamed as all.pdb)<br></div><div>2. open chimera -> goto <b>Tools </b>-><b> MD/Ensemble Analysis </b>-><b> MD Movie</b><br></div><div><b></b></div>3. in <b>Get Ensemble Info </b>dialogue box set -> <i>Trajectory format :</i> <b>PDB</b> <br></div>                                                                      <i>PDB frames contained in:</i> <b>single file<br></b></div><b>                                                                      Browse </b>to select File <all.pdb> <br></div>                                                                      <i>Use frames </i><b>first </b><i>through </i><b>last<br><br clear="all"></b><div><div><div><div><div><div><div><div><div>4. on click <b>OK,</b> a dialogue box pops out, <b>MD Movie: PDB trajectory from all.pdb</b>, in which, goto <b>Analysis -> Cluster...<br><br></b>5.. on click<b> Cluster,</b> a dialogue box pops out,<b> Get Clustering Parameters,</b> in which I set  <i>Cluster trajectory </i>as:<br></div><div><i>Starting frame:  </i><b>1<br></b></div><div><i>step size:  </i><b>1</b><i><br></i></div><div><i>Ending frame:</i><b> 100<br></b></div><div><i>Cluster based on current selection, if any: </i><b>true<br></b></div><div><i>Ignore solvent and non metal ions: <b>true<br></b></i></div><div><i>Ignore hydrogens: </i><b>true<br></b></div><div><i>Ignore metal ions:  </i><b>alkali<br></b><br></div><div>6. on click <b>OK, </b>after some RMSD calculation, i get the <b>Clustering</b> result, which I save to a text file <cluster> <br></div><div><b><br></b></div><div>Now, as I need to do this for multiple times, I want to automate these steps by a python script. Can you please help with a scipt or some command help for the aforesaid tasks. Any help will be helpful in these regard.<br></div><div><b><br><br><br></b></div><div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Thanks & Regards,<div><br></div><div>Subhrangshu Das</div><div>Junior Research Fellow, CSIR-IICB<br></div><div>Department of Structural Biology & Bioinformatics<br></div><div>Contact - IICB TRUE Campus, CN-6, Salt lake, Sector V, Kolkata-700091<span style="font-size:12.8px;background-color:rgb(243,243,243)"><br></span><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:12.8px"><font color="#0000ff"><u>+919804938813</u></font><b><font color="#000000"> </font></b></span><span style="color:rgb(0,0,255);font-size:12.8px"></span></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>