<div dir="ltr">Thank you. I have a follow up question. How does vop resample change the voxel size and box size? Does it change the map scale? <div><br></div><div>I've been scaling my maps using relion_image_handler, which oversamples or downsamples the map (changing the voxel size), while maintaining the box size (doesn't change the overall map scale). How can I use vop scale to do the same?!</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 27, 2020 at 9:33 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
The atomic models are in angstrom coordinates, so yes, they are to scale.  It is probably the map that is out of scale since it was shrunk.   There are two kinds of downscaling, actually shrinking the size, or just scaling down the density values without shrinking the size.  Maybe you did the first one when you really wanted to do the second one.<br>
<br>
Adjusting voxel size (shrinking or enlarging) can be done in Volume Viewer, Features... Coordinates<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#scale" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#scale</a>><br>
... or "volume" command with "voxelSize" option<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#dimensions" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#dimensions</a>><br>
<br>
Adjusting density values without changing the size can be done with "vop scale"<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#scale" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#scale</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
ELaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Apr 26, 2020, at 4:58 PM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello,<br>
> How to fit an atomic model after downscaling my map (map shrinks)? Are atomic models built to scale?!<br>
> Regards. <br>
<br>
</blockquote></div>