<div dir="ltr">I did look at the Red-Cyan stereo images with Red-Cyan glasses and did not see stereo. I will try Elaine's suggestion</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 22, 2020 at 6:09 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hello Angus and Michael,<div>It may be a function of the map display style.  If I open a map from EMDB, e.g. commands:<div><br></div><div>open emdbID:1024</div><div>stereo anaglyph</div><div><br></div><div>I can clearly see the 3D effect when wearing red-cyan glasses (and red and cyan fringes with the glasses taken off) if I am showing surface or mesh isosurfaces for the map, but not if showing the diffuse cloud of the "solid" style.  I attach an image of the map in surface style.</div><div><br></div><div>I don't know if you can expect to see a 3D effect with the transparent "solid" style even with anaglyph stereo working correctly.  I couldn't perceive it with that style.</div><div><br></div><div>Tested Chimera 1.14 on Mac, and I believe that the map from EMDB is 32-bit floating point like your data.</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Elaine<br><div>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>UCSF Chimera(X) team<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br><br><img id="gmail-m_-296816175921153347676DA29AD-D12E-4574-BE2E-C535D2777F3D" src="cid:174b8504a37b4b0db131"></div><br><blockquote type="cite">On Sep 22, 2020, at 10:03 AM, Greg Couch <<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu" target="_blank">gregc@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br><br>Yes, the red and gray is normal, but you're seeing the combined channels.   You need the glasses to separate the channels. Try viewing the image with the glasses that come with a 3D comic book.<br><br>    -- Greg<br><br>On 9/21/2020 11:43 PM, Michael Elbaum wrote:<br><blockquote type="cite" style="font-family:Helvetica;font-size:13px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">Red-cyan, sorry. No, I didn't look for stereo at all, just to reproduce the condition posted that one channel appears in red and the other in gray. Is that normal? <br>Michael<br>From: Greg Couch <<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu" target="_blank">gregc@cgl.ucsf.edu</a>><br>Sent: Tuesday, September 22, 2020 4:57:50 AM<br>To: Michael Elbaum <<a href="mailto:michael.elbaum@weizmann.ac.il" target="_blank">michael.elbaum@weizmann.ac.il</a>><br>Subject: Re: [Chimera-users] Stereo Red Cyan<br> <br>Are you wearing red-cyan glasses to see the stereo?  It doesn't work without them.<br><br>    -- Greg<br><br>On 9/21/2020 1:08 PM, Michael Elbaum wrote:<br><blockquote type="cite">I'm confirming the problem with a different dataset (optical deconvolution in tif format). Red-green shows red and gray, green-magenta shows green and gray. This is with version 1.14 on linux.<br>regards,<br>Michael<br><br><br>From: Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu</a>> on behalf of Angus McDonald <<a href="mailto:amcdonald@boisestate.edu" target="_blank">amcdonald@boisestate.edu</a>><br>Sent: Monday, September 21, 2020 9:46:24 PM<br>To: <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> BB<br>Subject: [Chimera-users] Stereo Red Cyan<br> <br>I am looking at some cryo em data. When I try to view a a 3D stack of em dat with the Red-Cyan stereo setting I seem to only get Red and grayscale. The data is in 32-bit floating point and is in MRC2014 header format. I cannot figure out what I am doing wrong. Is anything obvious? <br><br>Thanks for your time.<br>-- <br>Angus McDonald<br><a href="mailto:amcdonald@boisestate.edu" target="_blank">amcdonald@boisestate.edu</a><br> <br></blockquote></blockquote></blockquote><br></div></div></div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div>Angus McDonald</div><div><a href="mailto:amcdonald@boisestate.edu" target="_blank">amcdonald@boisestate.edu</a></div><div> </div></div>