<div dir="ltr">Hello:  I used ViewDock to open a pdbqt file generated by use of AutoDock Vina.  The ligand was shown in the graphics window.  Then I opened the protein pdb file that was used in the docking experiment.  The ViewDock dialog lists the poses obtained and I can select each and view the resulting pose in the graphics window fine.  I opened the Model Pane.  I selected from the list of models the first pose (#0.1) and the protein (#1) in the list.  I assumed that saving these two into a file would give a file that contained only the protein and the ligand bound as in the best pose .  I want to save the best pose as a pdb file wherein the protein and ligand are present.  I gave a filename Test.pdb  .  Chimera returned the following error message:  "You must provide a filename that contains either $name or $number , which will be changed to the model name or model number (respectively) in the final saved file name."  I do not understand what this means.  I tried using the pose number and also the protein name but it gave the same error. I don't understand what is meant by $name and $number - what do they refer to ? What do I need to do to save a single pose containing protein and the ligand to a unique file not containing other poses?   <div><br></div><div>The screenshot below is what I see:  Note that in the models list I selected the best pose #0.1 and also the protein, which is at the bottom of the list, hence it is not visible in the picture.  What is the filename syntax that I need to use to save a pose with protein to a single PDB file?  Stated more plainly: Can you give a viable example of what I need to enter as a filename that will allow saving of the file?  Or am I going about this all wrong?  Sorry for the verbose email.    </div><div><br></div><div><div><img src="cid:ii_kfdidhhe0" alt="image.png" width="581" height="451" style="margin-right: 0px;"><br></div></div></div>