<div dir="ltr"><div>Hello:  </div><div><br></div><div>Very new to Chimera and to modeling in general.  </div><div><br></div>1.) Does the Molecular Dynamics Tool allow simulation of a protein ligand complex?<div><br></div><div>2.) Does a protein ligand docking pose generated by Autodock, for example, qualify as a 'model' that can be read by the MD Tool and be employed in a MD run? </div><div><br></div><div>Is there a comprehensive tutorial or manual discussing in detail the setting of MD run within Chimera?  </div><div><br></div><div>Any help would be appreciated. Thanks.</div><div><br></div><div>Edmund R Marinelli, PhD </div></div>