<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Ah I see.  Because you also have missing side chains you have to do things a little differently.  Namely run Dock Prep (Tools→Structure Editing→Dock Prep) first, keeping "Add hydrogens" on but "Write Mol2" off; then use the delete command to delete the two unwanted protons; then run Minimize.<div class=""><br class=""></div><div class="">--Eric<br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 16, 2020, at 2:54 PM, Jatin Kashyap <<a href="mailto:jk435@njit.edu" class="">jk435@njit.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">I am sorry for the confusion. Actually I did that step by GUI options (Tools>Structure Editing>AddH). But I did it again by issuing “addh” from command line along with other steps.<div class="">But still I am getting the same error.</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">——<br class="">Jatin Kashyap <br class=""><br class=""></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<div class=""><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 16, 2020, at 5:49 PM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" class="">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">It's "addh" not "add H".<div class=""><br class=""></div><div class="">--Eric</div><div class=""><div class=""><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 16, 2020, at 2:44 PM, Jatin Kashyap <<a href="mailto:jk435@njit.edu" class="">jk435@njit.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi Eric,<div class=""><br class=""></div><div class="">Just for the clarification I am double checking it here, first I loaded the structure > del H > add H > del :10.P@h :8.T@h > minimize (while deselecting the add hydrogen option).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">But it is throwing the error [1].</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">[1]</div><div class=""><b class="">Model 0 (7bv2_nsp12-7.pdb) appears to be a protein without secondary structure assignments.</b></div><div class=""><b class="">Automatically computing assignments using 'ksdssp' and parameter values:</b></div><div class=""><b class="">  energy cutoff -0.5</b></div><div class=""><b class="">  minimum helix length 3</b></div><div class=""><b class="">  minimum strand length 3</b></div><div class=""><b class="">Use command 'help ksdssp' for more information.</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain A; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain C; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain P; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain T; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">Chain-initial residues that are actual N terminii: VAL 31.A, LYS 2.C, G 10.P, U 8.T</b></div><div class=""><b class="">Chain-initial residues that are not actual N terminii: </b></div><div class=""><b class="">Chain-final residues that are actual C terminii: U 20.P, C 21.T</b></div><div class=""><b class="">Chain-final residues that are not actual C terminii: THR 929.A, GLY 64.C</b></div><div class=""><b class="">852 hydrogen bonds</b></div><div class=""><b class="">Removing spurious proton from 'C' of THR 929.A</b></div><div class=""><b class="">Removing spurious proton from 'C' of GLY 64.C</b></div><div class=""><b class="">Hydrogens added</b></div><div class=""><b class="">Residues with incomplete side chains:</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>LYS 98.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>ASP 100.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>ASP 218.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>ASP 824.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>GLU 50.C</b></div><div class=""><b class="">Replacing each by 'swapaa same (residue atom spec) lib Dunbrack preserve True'</b></div><div class=""><b class="">LYS 98.A: phi -78.3, psi 128.2 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for LYS 98.A:</b></div><div class=""><b class="">ASP 100.A: phi -70.1, psi -6.8 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for ASP 100.A:</b></div><div class=""><b class="">ASP 218.A: phi -127.8, psi 120.9 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for ASP 218.A:</b></div><div class=""><b class="">ASP 824.A: phi -92.0, psi 1.6 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for ASP 824.A:</b></div><div class=""><b class="">GLU 50.C: phi -60.9, psi -45.8 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for GLU 50.C:</b></div><div class=""><b class="">Applying ASP rotamer (chi angles: -67.2 -26.9) to ASP 824.A</b></div><div class=""><b class="">Applying LYS rotamer (chi angles: -178.9 71.3 178.8 68.6) to LYS 98.A</b></div><div class=""><b class="">Applying ASP rotamer (chi angles: -175.9 -11.3) to ASP 218.A</b></div><div class=""><b class="">Applying GLU rotamer (chi angles: -170.8 -83.2 25.9) to GLU 50.C</b></div><div class=""><b class="">Applying ASP rotamer (chi angles: -70.6 -17.9) to ASP 100.A</b></div><div class=""><b class="">Charge model: AMBER ff14SB</b></div><div class=""><b class="">Total charge for #0: -32.172</b></div><div class=""><b class="">The following residues had non-integral charges:</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>LYS 98.A -0.6068</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>ASP 100.A -1.0636</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>ASP 218.A -1.0636</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>ASP 824.A -1.0636</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>GLU 50.C -0.9909</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>U 20.P -0.6919</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>C 21.T -0.6919</b></div><div class=""><b class="">1 model(s) had non-integral total charge</b></div><div class=""><b class="">Details in reply log</b></div><div class=""><b class=""><br class=""></b></div><div class=""><b class="">Residue #0:98.A (LYS/lysine)  is missing atoms H_gamma_3, H_epsilon_2, H_zeta_3, H_delta_2, H_epsilon_3, H_alpha, H_beta_3, H_gamma_2, H_delta_3, H_beta_2, H_zeta_1 and H_zeta_2 </b></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">——<br class="">Jatin Kashyap <br class=""><br class=""></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<div class=""><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 16, 2020, at 5:32 PM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" class="">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi Jatin,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>I you don't delete those phosphates, then Chimera will add spurious protons to them, which is what is causing the problem.  In order to get this to work, you will have to run Add Hydrogens "by hand" before your minimization, delete the spurious protons, and then run your minimization -- being careful to skip adding hydrogens as part of the minimization process.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>The command (Favorites→Command Line) to delete the unwanted protons in your case is "del :10.P@h :8.T@h".</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">--Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class=""><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 16, 2020, at 2:10 PM, Jatin Kashyap <<a href="mailto:jk435@njit.edu" class="">jk435@njit.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Dear Chimera Community Members,<div class=""><br class=""></div><div class="">I am facing an error while minimizing a protein that have 5’ terminal phosphates attached to it. </div><div class="">Chimera is showing the warning that AMBER is unable to parametrize the phosphates and if you do not delete it, 0 charges will be assigned to it. </div><div class="">I selected the option not to delete it but then it throws error[1] on the following step. I am pasting my log below [2].</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you for helping me to understand this.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">[1]</div><div class=""><b class="">No MMTK name for atom "H" in standard residue “G"</b></div><div class=""><br class=""></div><div class="">[2]</div><div class=""><div class=""><b class="">Model 0 (7bv2_nsp12-7.pdb) appears to be a protein without secondary structure assignments.</b></div><div class=""><b class="">Automatically computing assignments using 'ksdssp' and parameter values:</b></div><div class=""><b class="">  energy cutoff -0.5</b></div><div class=""><b class="">  minimum helix length 3</b></div><div class=""><b class="">  minimum strand length 3</b></div><div class=""><b class="">Use command 'help ksdssp' for more information.</b></div><div class=""><b class="">Residues with incomplete side chains:</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>LYS 98.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>ASP 100.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>ASP 218.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>ASP 824.A</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>GLU 50.C</b></div><div class=""><b class="">Replacing each by 'swapaa same (residue atom spec) lib Dunbrack preserve True'</b></div><div class=""><b class="">LYS 98.A: phi -78.3, psi 128.2 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for LYS 98.A:</b></div><div class=""><b class="">ASP 100.A: phi -70.1, psi -6.8 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for ASP 100.A:</b></div><div class=""><b class="">ASP 218.A: phi -127.8, psi 120.9 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for ASP 218.A:</b></div><div class=""><b class="">ASP 824.A: phi -92.0, psi 1.6 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for ASP 824.A:</b></div><div class=""><b class="">GLU 50.C: phi -60.9, psi -45.8 trans</b></div><div class=""><b class="">Chi angles for GLU 50.C:</b></div><div class=""><b class="">Applying LYS rotamer (chi angles: -62.5 -75.3 99.0 -88.6) to LYS 98.A</b></div><div class=""><b class="">Applying ASP rotamer (chi angles: -67.2 -26.9) to ASP 824.A</b></div><div class=""><b class="">Applying ASP rotamer (chi angles: -175.9 -11.3) to ASP 218.A</b></div><div class=""><b class="">Applying ASP rotamer (chi angles: -70.6 -17.9) to ASP 100.A</b></div><div class=""><b class="">Applying GLU rotamer (chi angles: -170.8 -83.2 -29.7) to GLU 50.C</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain A; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain C; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain P; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">No SEQRES records for 7bv2_nsp12-7.pdb (#0) chain T; guessing terminii instead</b></div><div class=""><b class="">Chain-initial residues that are actual N terminii: VAL 31.A, LYS 2.C, G 10.P, U 8.T</b></div><div class=""><b class="">Chain-initial residues that are not actual N terminii: </b></div><div class=""><b class="">Chain-final residues that are actual C terminii: U 20.P, C 21.T</b></div><div class=""><b class="">Chain-final residues that are not actual C terminii: THR 929.A, GLY 64.C</b></div><div class=""><b class="">856 hydrogen bonds</b></div><div class=""><b class="">Removing spurious proton from 'C' of THR 929.A</b></div><div class=""><b class="">Removing spurious proton from 'C' of GLY 64.C</b></div><div class=""><b class="">Hydrogens added</b></div><div class=""><b class="">Charge model: AMBER ff14SB</b></div><div class=""><b class="">Non-standard atom names:</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>G H (G 10.P H)</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>U H (U 8.T H)</b></div><div class=""><b class="">Total charge for #0: -30.384</b></div><div class=""><b class="">The following residues had non-integral charges:</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>U 20.P -0.6919</b></div><div class=""><b class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>C 21.T -0.6919</b></div><div class=""><b class="">Correct charges are unknown for 2 non-standard atom names in otherwise standard residues</b></div><div class=""><b class=""><br class=""></b></div><div class=""><b class="">Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms</b></div><div class=""><b class=""><br class=""></b></div><div class=""><b class="">1 model(s) had non-integral total charge</b></div><div class=""><b class="">Details in reply log</b></div><div class=""><b class=""><br class=""></b></div><div class=""><b class="">No MMTK name for atom "H" in standard residue "G"</b></div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">——<br class="">Jatin Kashyap <br class="">New Jersey Institute of Technology</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<br class=""></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>