<div dir="ltr"><div>Thank you for your kind reply. Could you help me a little more? Where must the
heme.defattr file be, when I use the 'defattr' command? I have tried to put it in the root directory, but it didn't work and I got such a message:</div><div><div><img src="cid:ii_kf2tjz5w0" alt="изображение.png" width="235" height="122"><br><br></div></div><div>I have also tried to open this file using the tool 'Define Attribute'

in Tools/Structure Analysis/, but got such a message:</div><div><div><img src="cid:ii_kf2tp8cl1" alt="изображение.png" width="202" height="164"><br><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">пн, 14 сент. 2020 г. в 19:07, Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">The heme.defattr file is a link from the URL you already found:<br>
<br>
> <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2019-July/015972.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2019-July/015972.html</a><br>
<br>
In the lower part of that page, the link to the defattr file is<br>
<br>
URL: <<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20190715/ecb1dce6/attachment.obj" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20190715/ecb1dce6/attachment.obj</a>><br>
<br>
...and you just need to click that and then save it as a plain text file.  You can rename that plain text file heme.defattr if you want.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 12, 2020, at 9:53 AM, Rio Aquarius <<a href="mailto:rioxel@gmail.com" target="_blank">rioxel@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> I have an issue with heme minimization, Fe atom leaves a heme plane. I saw at least one user had the same issue and got help to solve it (<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2019-July/015972.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2019-July/015972.html</a>). I could try the protocol described there, but I don't have the heme.defattr file. I hope you can help me with it too. I have attached a pdb file with this issue.<br>
> <CYP51_min300.pdb><br>
</blockquote></div>