<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi all,<div>I am trying to generate a helical trimer from the monomer pdb around a central double-stranded RNA. The rise and twist are 46 A and 74.0 deg respectively. I opened my monomer pdb in chimera <b>(Screenshot-0)</b> and used the following command to generate an axis around the central RNA double helix:</div><div><br></div><div><b>define axis #0:.X,.Y</b></div><div><br></div><div>where X and Y are the chain IDs for the 2 RNA strands</div><div><br></div><div>This command helped me generate an axis named <b>a1</b> along the RNA duplex <b>(Screenshot-1)</b>. Now I want to generate a helical trimer along the RNA duplex with rise=46A and twist=74deg. For this I used the command:</div><div><br></div><div><b>sym #0 group H,46,74,3 axis a1</b></div><div><br></div><div>However, it is not placing the symmetric copies around axis a1 but around a distant axis <b>(Screenshot-2)</b>. I am not sure how to generate the helical trimer along the a1 axis. Any help in this regard would be appreciated. Thanks.</div><div><br></div><div>-Sadeem</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature">:-)</div></div></div></div></div></div>