<div dir="ltr">Hi!<div>I have got a problem and searched all previous posts for solutions but failed to find one.</div><div>Therefore, I would be very much thankful to have your guidance.</div><div>I have generated my protein model in I-Tasser and now I would like to do dock-prep. </div><div> (Attached model-PDB file)</div><div>However, when I run it:</div><div><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><i>Tools .. Strct edit .. Dockprep
</i><i>All selected 
</i><i> Add hydrogens (also consider H-bonds)</i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><i>Incomplete side chains:replace(Dunbrack 2010 rotamer library)</i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><i>Protonation states fro: his (residue-name-based)</i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><i>standart residues: AMBER ff14SB</i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><i>other residues: AM1-BCC</i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><i><b>Output:</b></i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">No incomplete side chains<br>No SEQRES records for model1 (1).pdb (#0) chain A; guessing terminii instead<br>Chain-initial residues that are actual N terminii: MET 1.A<br>Chain-initial residues that are not actual N terminii: <br>Chain-final residues that are actual C terminii: <br>Chain-final residues that are not actual C terminii: LEU 522.A<br>470 hydrogen bonds<br>Removing spurious proton from 'C' of LEU 522.A<br>Hydrogens added<br>Charge model: AMBER ff14SB<br>Non-standard atom names:<br>   ILE HD3 (ILE 18.A HD3, ILE 31.A HD3, ILE 42.A HD3 + 26 others)<br>        ILE HD1 (ILE 18.A HD1, ILE 31.A HD1, ILE 42.A HD1 + 26 others)<br>        ILE HD2 (ILE 18.A HD2, ILE 31.A HD2, ILE 42.A HD2 + 26 others)<br>Total charge for #0: 9.382<br>The following residues had non-integral charges:<br>  ILE 18.A -0.0558<br>      ILE 31.A -0.0558<br>      ILE 42.A -0.0558<br>      ILE 77.A -0.0558<br>      ILE 96.A -0.0558<br>      ILE 132.A -0.0558<br>     ILE 136.A -0.0558<br>     ILE 151.A -0.0558<br>     ILE 153.A -0.0558<br>     ILE 163.A -0.0558<br>     ILE 184.A -0.0558<br>     ILE 193.A -0.0558<br>     ILE 223.A -0.0558<br>     ILE 236.A -0.0558<br>     ILE 250.A -0.0558<br>     ILE 256.A -0.0558<br>     ILE 284.A -0.0558<br>     ILE 297.A -0.0558<br>     ILE 321.A -0.0558<br>     ILE 370.A -0.0558<br>     ILE 378.A -0.0558<br>     ILE 401.A -0.0558<br>     ILE 416.A -0.0558<br>     ILE 436.A -0.0558<br>     ILE 447.A -0.0558<br>     ILE 450.A -0.0558<br>     ILE 480.A -0.0558<br>     ILE 489.A -0.0558<br>     ILE 495.A -0.0558<br>Correct charges are unknown for 3 non-standard atom names in otherwise standard residues<br><br>Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms<i><br></i></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">So, please kindly help me to solve the issue.</pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">Yours Sincerely</pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">Javad Karimbayli</pre></div></div>