<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
To the Chimera Team, </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
Hello, my name is Harrison Helmick, and I am a PhD student in Purdue University's department of food science. I hope that you all are doing well. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
I am interested in developing more relationships between bioinformatic models and end use properties of foods, helping us understand and predict characteristics like emulsification, gelling, denaturation, etc. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
I have been using Chimera to run molecular dynamic simulations, as well as analyze the protein structures and compare those to experimental properties. I'd like to see if there are predictable functional differences based on intermediate steps of denaturation
 of common seed storage proteins used in food. I have found Chimera to be super interesting and helpful in terms of my learning so far. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
One of the characteristics I'd like to quantify is the change in secondary structure over the course of denaturation. I would like to have a script that returns the number of residues that are identified as the basic secondary structures so that I can graph
 the relative proportion of these structures of the course of the simulation. I'd also like to see which helices and strands are being degraded first, and I will compare that to their relative surface accessibility. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
The way I have gone about this is to use the Chimera command per frame scripts KSDSSP, sel hex, and writesel to attempt to generate files for each frame. With a short python code, we could loop over the files to see which residue numbers disappear first and
 the progression of the destruction of helices, strands, etc. I haven't been able to get the dynamic file writing to work though, so I always write over the original file instead of saving it as a new one. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
While I could probably figure out the dynamic file writing, this seems inefficient, and I was wondering if you all had a better script this process. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
Thank you, </div>
<div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div>
<div></div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-top:0; margin-bottom:0"><span style="color:rgb(0,0,0)">‚Äč</span>--</p>
<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-top:0; margin-bottom:0">Harrison Helmick</p>
<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-top:0; margin-bottom:0"><span style="font-size:11pt">Graduate Research Assistant, Ross Fellowship</span></p>
<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-top:0; margin-bottom:0"><span style="font-size:11pt">Kokini Lab, Purdue University</span></p>
<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-top:0; margin-bottom:0"><span style="text-align:left; color:rgb(0,0,0); text-transform:none; text-indent:0px; letter-spacing:normal; font-family:"Calibri",sans-serif; font-size:11pt; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:400; text-decoration:none; word-spacing:0px; display:inline!important; white-space:normal; orphans:2; float:none; background-color:transparent">Philip
 E. Nelson Hall of Food Science</span><br style="">
<span style="text-align:left; color:rgb(0,0,0); text-transform:none; text-indent:0px; letter-spacing:normal; font-family:"Calibri",sans-serif; font-size:11pt; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:400; text-decoration:none; word-spacing:0px; display:inline!important; white-space:normal; orphans:2; float:none; background-color:transparent"></span><span tabindex="0" class="contextualExtensionHighlight ms-font-color-themePrimary ms-border-color-themePrimary ident_1415_1469" role="button" style="border-color:rgb(0,120,215); text-align:left; color:rgb(0,120,215); text-transform:none; text-indent:0px; letter-spacing:normal; font-size:11pt; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:400; text-decoration:none; word-spacing:0px; border-bottom-width:1px; border-bottom-style:dashed; white-space:normal; orphans:2; background-color:transparent">745
 Agriculture Mall Dr.</span><span tabindex="0" class="contextualExtensionHighlight ms-font-color-themePrimary ms-border-color-themePrimary ident_1415_1469" role="button" style="border-color:rgb(0,120,215); text-align:left; color:rgb(0,120,215); text-transform:none; text-indent:0px; letter-spacing:normal; font-size:11pt; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:400; text-decoration:none; word-spacing:0px; border-bottom-width:1px; border-bottom-style:dashed; white-space:normal; orphans:2; background-color:transparent"><br style="border-bottom-color:rgb(0,120,215); border-bottom-style:none; border-bottom-width:0px; border-left-color:rgb(0,120,215); border-right-color:rgb(0,120,215); border-top-color:rgb(0,120,215); color:rgb(0,120,215)">
West Lafayette, IN 47907-2009</span><br>
</p>
<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-top:0; margin-bottom:0"></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>