<div dir="auto">Thanks a lot! </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 7, 2020, 11:28 PM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Hi Aleena,<div><span style="white-space:pre-wrap">       </span>If you have some structures open with blank IDs that you want to change to 'A', I believe the Python code is:</div><div><br></div><div>from ChangeChainIDs import changeChains</div><div>from chimera import openModels, Molecule</div><div>changeChains(openModels.list(modelTypes=[Molecule]), [(' ', 'A')])</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Jul 7, 2020, at 5:48 AM, Aleena Jose <<a href="mailto:aleena.jose@students.iiserpune.ac.in" target="_blank" rel="noreferrer">aleena.jose@students.iiserpune.ac.in</a>> wrote:</div><br><div><div dir="auto"><div dir="auto">Hi Elaine, <div dir="auto"><br><div dir="auto">Thanks a lot for your reply. The problem is that I have got hundreds of such pdbs with no id chains after random scanning mutagenesis. I wish I could solve it using a python script. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Regards</div><div dir="auto">Aleena.</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 6, 2020, 9:32 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">HI Aleena,<br>
You can do it with the "Change Chain IDs" graphical interface, open from menu: Tools... Structure Editing... Change Chain IDs.  That dialog will list the chain with no ID separately (something like "principal chain") and you can click to choose it in that interface, then enter a new ID.<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/changechains.html" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/changechains.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 4, 2020, at 2:41 PM, Aleena Jose <<a href="mailto:aleena.jose@students.iiserpune.ac.in" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">aleena.jose@students.iiserpune.ac.in</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi, <br>
> I need help with chimera. In my pdb I have a chain with no id and I want to assign it a new id. I tried using 'changechain' command but I am getting error messages because I don't have any specific from-chain id. I don't know what exactly to give as from-chain id or is there any other command that could help me?<br>
> Thanks,<br>
> Aleena.<br>
<br>
</blockquote></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank" rel="noreferrer">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>