<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am trying to reproduce an alignment I had previously done in Chimera in ChimeraX with matchmaker command.</div><div><br></div><div>The protein alignment between the two programs is the same, but in ChimeraX the active-site cofactor of the matchstruct isn't aligning appropriately to the refstruct cofactor and is unreasonably placed in relation to even its own protein. In Chimera the two cofactors align nicely.</div><div><br></div><div>The two structures I am trying to align are 3U7Q and 5N6Y.</div><div><br></div><div>Thanks in advance for any assistance you can offer!</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Derek Harris<div>Postdoctoral Fellow</div><div>Seefeldt Lab</div><div>Department of Chemistry and Biochemistry</div><div>Utah State University</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>