<div dir="ltr">Great, thanks!</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El mar., 30 jun. 2020 a las 17:09, Elaine Meng (<<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Yasser,<br>
You can change the vertices and edges in the icosahedron surface into a "molecule" (dummy atoms and bonds) with the "meshmol" command, and then save the resulting coordinates as a PDB file.<br>
<br>
For example, if your icosahedron surface is #0, command:<br>
<br>
meshmol #0 0.25<br>
<br>
...for bond stick-display radius 0.25; you could use some other number, doesn't really matter if the purpose is to save coordinates. That will create a new molecule model with name "Mesh Icosahedron."<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html</a>><br>
<br>
...and then use command "write" or menu: File... Save PDB to save that molecule model.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#pdb" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#pdb</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jun 30, 2020, at 3:05 AM, Yasser Almeida <<a href="mailto:yasser.almeida@gmail.com" target="_blank">yasser.almeida@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello,<br>
> I am using the icosahedron surface tool to build a triangulated sphere cage around a model. How can I write its coordinates?<br>
> Thanks in advance,<br>
> Yasser<br>
<br>
</blockquote></div>