<div dir="ltr"><div>Good day!</div><div><br></div><div>Sorry for the late reply.</div><div>Yes, I read this article but what confuses me is that during the minimisation steps I'm offered two possible ff for a ligand -- AM1-BCC and Gasteiger.</div><div>So, basically what you are saying is that both atom charges and atom types are assigned using GAFF, not AM1-BCC? <br></div><div><br></div><div>Could you explain that in a little more detail? For example, here (<a href="http://ambermd.org/antechamber/ac.html#atomtype">http://ambermd.org/antechamber/ac.html#atomtype</a>) it says that an atom type in antachamber might be assigned either by GAFF or by AM1-BCC or by other ff. And do I understand correctly that within antachamber there are only two possible ways to assign charge and those are 
AM1-BCC and Gasteige?</div><div><br></div><div>Correct me if I misunderstood you.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Sergey Vladimirov.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, May 23, 2020 at 12:47 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Sergei,<br>
It already is.  That is, if your system includes a nonstandard residue like some ligand, then Chimera automatically uses Ambertools/Antechamber to generate GAFF parameters to use in minimization and/or dynamics.<br>
<br>
This is all described in the Minimize Structure manual page, see the section on "Force Field Parameters":<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/minimize/minimize.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/minimize/minimize.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On May 22, 2020, at 12:29 PM, Сергей Владимиров <<a href="mailto:sergei.vladimirov@chemistry.msu.ru" target="_blank">sergei.vladimirov@chemistry.msu.ru</a>> wrote:<br>
> <br>
> Good day!<br>
> <br>
> My name is Sergei Vladimirov, I'm a student at Moscow State University.<br>
> As far as I know, when running a molecular dynamics of ligand-protein interaction one must use different force fields to the ligand and the protein. There is a mm14ff to calculate interactions within a protein but there are only two different force fields to calculate interactions within a ligand.<br>
> I've been led into believing that the best ff for small organic ligands is GAFF.<br>
> So my question is, is there any way to implement the GAFF force field into the production of molecular dynamics?<br>
> <br>
> Is there anything I'm missing? I will be awaiting your reply.<br>
> <br>
> Best regards,<br>
> Sergei Vladimirov.<br>
<br>
</blockquote></div>