<div dir="ltr"><div>Hi Elaine</div><div>From Volume Viewer .. open map I opened the cube file. Ctrl-click on the histogram simply added another black bar. Coloring surface gave two colors with option "radius", single color with option "electrostatic-potential' (the cube file was built for the latter).</div><div><br></div><div>I can't realize where I am wrong. This morning I had a beautiful red-white-blue coloring fitting for what I expected as to electrostatic interactions, and the files are the same, downloaded from the remote cluster for chimera examination.</div><div><br></div><div>thanks for advice</div><div>francesco<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, May 21, 2020 at 6:41 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Francesco,<br>
I guess you mean isopotential contour surfaces.  <br>
<br>
I believe if you open signed data, then Volume Viewer would automatically show two contour surfaces, one for positive and one for negative.  However, if it is only showing one contour surface, just Ctrl-click on the histogram in Volume Viewer to add another one (or as many more that you would like), as indicated by another vertical bar.  You can drag the vertical bars on the histogram to change the levels, and change the color of the one most recently dragged or clicked.<br>
<br>
These vertical bars are called "thresholds" in the documentation.<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/framevolumeviewer.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/framevolumeviewer.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#display" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#display</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On May 21, 2020, at 8:52 AM, Francesco Pietra <<a href="mailto:chiendarret@gmail.com" target="_blank">chiendarret@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> I was able to open with chimera 1.1.3.1 (linux) electrostatic-potential cube files generated from ORCA package and view them in colors (red lowest, blue highest potential). I can't remember how I succeeded and now, from chimera help, I am no more able. Only a single color.<br>
> Thanks for putting me on the right way.<br>
> chiendarret<br>
<br>
</blockquote></div>