<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Dear Eric,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Thank you so much for your reply! </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I've sent a bug report through Chimera with the reply log file attached. As I mentioned in the earlier email, the error came from the parts that I built and modified. I know I must have made some mistakes in the progress, so your help is greatly appreciated! Please let me know if any further information is needed. One way I can think of solving this problem is to go to the original PDB file and change the name of the amino acids that I have modified, but I may be wrong. </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Thank again for your kind help!<br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Best wishes,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Sheng</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 11, 2020 at 1:49 PM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Sheng,<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>Chimera can definitely handle minimizing non-standard residues.  There are various possibilities as to why it failed with your particular residue, but I would need more than the “failure running ANTECHAMBER” message to diagnose the problem.  Could you repeat what you did and after you get the failure please use Help→Report A Bug to send a bug report to us?  That will include the full contents of the Reply Log, which is what I need to see.  Thanks.</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div><br></div><div><br><blockquote type="cite"><div>On May 8, 2020, at 8:00 AM, Sheng Zhang <<a href="mailto:shengz4@uci.edu" target="_blank">shengz4@uci.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Dear UCSF Chimera team,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Good morning! I am Sheng Zhang, a graduate student from UC Irvine. First I would like to thank you for developing this useful tool, UCSF Chimera. I have a question regarding minimizing molecule with non-standard amino acids.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I modified a linear peptide ligand so it's now a ring containing non-standard amino acids. When I was trying to minimize the ligand while fixing its protein partner, I kept getting error messages like "failure running ANTECHAMBER for residue UNK+THR". The unknown and threonine residues happen to be the residues that I built and modified. Now they are no longer standard/intact amino acid residues and I guess that is why Chimera doesn't like them when trying to minimize the structure. </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I wonder is there a way to minimize ligand with non-standard amino acid groups? Thank you so much for your time and help!</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Best wishes,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Sheng</div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">https://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>