
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

hi</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I repeatedly have this issue and no idea how to fix it.  I send the same files to colleague and they cannot reproduce it.  We cannot figure out whether it's some minor detail I am doing, or it's my version of chimera.</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

When I try "measure rotation #1 #2" the axis ends up either pretty off center or WAY far away (like 20 protein widths away).  </div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

have tried:</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<ul>

<li>centering volume and resaving, fitting models into map and resaving.  Opening and all looks correct. </li><li>tried opening pdb first then maps, or maps first then pdb. Both seem to give different results but neither are precisely down the actual axis of my helical protein despite having centered it.</li><li>adding "coordinateSystem #" to the command has no effect.  The axis that appears is now as long as my box, but it's still not centered<br>

</li></ul>

<div><br>

</div>

<div>thanks</div>

<div>Jesse</div>

</div>

</body>

</html>