<div dir="ltr">Dear Sir,<div><br></div><div>I had a query regarding charge assignment to any ligand in chimera. </div><div><br></div><div>While minimizing the energy of a particular ligand (Tools --> Structure Editing --> Minimize Structure) and also during Dock Prep, I found that for most of the aliphatic and alicyclic amines, they are getting protonated with a residual positive charge; while the aromatic amines remain unprotonated (and hence no residual charge). I understand that this is because of their differential pKb values (basic strengths). </div><div><br></div><div>On the other side, deprotonation never occurs with the carboxylic acid (-COOH) group.</div><div><br></div><div>Does the Chimera (force fields) control this issue of protonation and deprotonation considering the physiological pH ?</div><div><br></div><div>I will be extremely grateful if some one may kindly clarify my doubts.</div><div><br></div><div>Thanking you in advance,</div><div><br></div><div>With Best Regards,</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="garamond, serif" size="2"><b>Dr. Prabuddha Bhattacharya </b></font></div><div><font face="garamond, serif"><b>Dept. Of Chemistry</b></font></div><div><font face="garamond, serif"><b>Adamas University</b></font></div><div><font face="garamond, serif"><b>Kolkata 700126</b></font></div><div><font face="garamond, serif"><b>India</b></font></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>