<div dir="ltr">Hi there I was hoping I could get some help with a modelling challenge that I am having as I am very new to protein modelling as a whole and Chimera.<div><br></div><div>So I developed a fusion protein of a single monomer of an encapsulin structure (PDB:3DKT), I wanted to build the final icosahedral structure with the added fusion protein. So I tried to align 10 of the fusion monomers to the di-pentamer of the original PDB file and ran the sym command generating the native structure with the added fusion protein. </div><div>I am unable to save this symmetry structure and I'm not sure if its due to the alignment of the 10 monomers onto the di-pentamer that I did first and then ran the sym command using coordinates of the original PDB or if Chimera is not able to produce coordinates for the structure in a new PDB. When I export it as a PDB the coordinates are not saved. So I was wondering if there is a way I could save this newly generated structure as other methods are not currently working. </div><div><br></div><div>Thank you </div><div>Kind regards </div><div>HK</div></div>