<div dir="ltr">hey <span style="color:rgb(32,33,36);font-size:0.875rem;font-weight:bold;letter-spacing:0.2px;font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;white-space:nowrap">Elaine Meng</span><div><font color="#202124" face="Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif"><span style="font-size:14px;letter-spacing:0.2px;white-space:nowrap"><b><br></b></span></font><div>Thanks, I'll check them out. <br></div><div><br></div><div>Regards</div><div>Jonathan Javid</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 9, 2020 at 10:47 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Jonathan,<br>
You just set the options you want and then click Apply or OK on some dialogs.  Each dialog has a Help button that you can click to see the explanation of all the options. <br>
<br>
You can use menu: Tools... Structure Editing... Minimize Structure, or the command "minimize."  <br>
<br>
Here is the Help page for Minimize Structure, the same thing that you would get by clicking the Help button on that tool.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/minimize/minimize.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/minimize/minimize.html</a>><br>
<br>
Searching finds a long YouTube video "energy minimization in UCSF Chimera" ... maybe useful to you.  I have not viewed it.<br>
<<a href="https://www.youtube.com/watch?v=37rgX2MMhZ0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.youtube.com/watch?v=37rgX2MMhZ0</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Apr 9, 2020, at 12:46 AM, Jonathan Javid <<a href="mailto:jonathanjavid257@gmail.com" target="_blank">jonathanjavid257@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Instructor <br>
> <br>
> Please guide meabout how minization is performed of protein Structure from chimera.Guide me step by step kindly.<br>
> <br>
> Waitig for your positive response. Thank you <br>
> <br>
> Reagrds<br>
> Jonathan Javid    <br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>