<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Goodmorning, <div>I'm writing because I'm trying to open my pdb file but this error came out "Attempt to form loop bond". </div><div>I tried to have a look at the _init_.py file in the line 1109 and I found this message: </div><div>molList = pdbio.readPDBfile(file, errOut=errLog)<br></div><div><br></div><div>I can't understand this message and I don't know how to eventually modify my pdb file in order to be able to open it. </div><div><br></div><div>Thanks in advance for helping me, </div><div>Laura Rotilio</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px">Laura Rotilio, Ph.D. Student</span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px"><b>Structural Biology Lab., Prof. A. Mattevi</b></span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px">Dept. Biology and Biotechnology "L. Spallanzani"</span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px">University of Pavia</span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px">Via Ferrata 9, 27100 Pavia</span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px">Italy</span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(35,35,35)"><span style="letter-spacing:0px">Tel. <a href="tel:%2B39-0382-985525" value="+390382985525" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">+39-0382-985525</a>/985534</span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(71,135,255)"><span style="letter-spacing:0px;color:rgb(35,35,35)">Fax </span><span style="letter-spacing:0px"><a href="tel:%2B39-0382-528496" value="+390382528496" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">+39-0382-528496</a></span></p><p style="margin:0px 0px 13px;font-size:10px;font-family:Verdana;color:rgb(2,30,170)"><span style="letter-spacing:0px;color:rgb(35,35,35)">Web <a href="http://www.unipv.it/biocry" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><span style="letter-spacing:0px;color:rgb(2,30,170)">www.unipv.it/biocry</span></a></span></p></div></div></div></div></div></div></div>