
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body dir="auto">


<br>


Hi,


<div>I have a problem with the result of autodock Vina. When I load a molecule in “mol2” format and I use AutoDock Vina for docking, the docked molecule is altered. How can be possible? How can I solve my problem? </div>


<div><br>


</div>


<div>I attach the photo of the real molecule <img src="cid:C2748141-718F-40C4-8964-A212C52FDB1A"></div>


<div><br>


</div>


<div>And this I how the molecule changes after the docking </div>


<div><img src="cid:C1EDE285-2873-437D-A034-5BB2D031BD67"><br>


</div>


<div>The 5-term ring becomes aromatic, while it should have only a double bond. ( this happens both if I save autodock vina result in “mol2” format and “pdb” format</div>


<div><br>


</div>


<div>Hope you can help me!</div>


</body>


</html>