<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi power users,

<div class="">I have 2 tasks that I hope you can help with. Both of these require conjugation of a moiety to multiple places on a large, multi chain protein. Command line solutions are fine. </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Task 1. Conjugate some group like a tosyl to selected cystine residues. There could be about 200 residues needing conjugation across 4 chains of a protein PDB file.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Task 2. Conjugate a peptide chain to the N or C terminus of a multi chain protein PDB file.  </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I am already familiar with build structure protein and smiles, but connecting models without severe steric hindrance is problematic. Also, given the number of needed conjugations, it would be great it I could do this via command line (or some

 other function that I am currently not aware of) so that the tosyl or peptide chains needing connecting do not have to be positioned prior to making the covalent bond.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Much thanks to everyone in advance.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best, </div>

<div class="">Scott<br class="">

<div class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div class=""><br class="">

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>