
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

Hello chimera users!</div>

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

<br>

</div>

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

I've been browsing the various tutorials for chimera and I've seen a lot of amazing models of proteins bound to DNA, ligands, etc. I have a pdb file for my protein of interest and its substrate, and I have the active site of the protein. I was wondering if

 there's any way of predicting how the substrate fits into the catalytic cleft. Is there some easy code or application that can do this in chimera or is this a far more challenging task than I appreciate?</div>

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

<br>

</div>

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

Thank you!<br>

Jason Rodencal</div>

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

Dixon Lab</div>

<div style="margin: 0px; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: black; background-color: rgb(255, 255, 255)">

Stanford University</div>

<br>

</div>

</body>

</html>